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Message par Loxosceles le Mar 19 Mai 2020 - 12:11

Pourquoi assimile-t-on le confinement à toutes les autres mesures, et pourquoi tire-t-on des conclusions sans tenir compte de ce biais majeur ?

Je me suis souvent dit que les autres mesures ont été rendues possibles ou du moins favorisées par le confinement lui-même, mais finalement, c'est l'aveu d'une paresse à organiser les choses correctement, c'est tout. Du coup on dit "confinement" pour englober des mesures qui auraient très bien pu être mises en place sans, comme aux Pays-Bas. Je conçois que cette conception se base sur une confiance envers la population, mais comme je l'ai déjà dit il y a des semaines, c'est en traitant les gens comme des irresponsables qu'on les induit à se conduire comme tels. Je ne suis pas convaincu que les pays germaniques et scandinaves ont des "gènes" de la responsabilité et que les latins sont incivils et indisciplinés par nature. Ce sont des habitudes culturelles qu'on peut modérer en changeant d'attitude mentale... et justement, le confinement a bien montré que nous étions autant aptes à la discipline que les autres. Il n'y a donc aucune raison de penser que nous sommes plus indignes de cette confiance que les autres.

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Message par Pabanal le Mar 19 Mai 2020 - 12:19

Ha oui il doit y avoir une bonne part de prophétie auto-réalisatrice quand on considère avoir à faire à des gaulois réfractaires.

Spoiler:
Outre qu'on se place ipso facto dans la posture du romain conquérant.
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Message par Yop le Mar 19 Mai 2020 - 13:44

Loxosceles :
En première approche, on peut considérer que du point de vue de la propagation de l'épidémie, un confinement coercitif est équivalent à un confinement faisant appel à la responsabilité individuelle à condition que la population joue le jeu (et j'entends par là non seulement au niveau des comportements individuels, mais aussi par exemple dans la manière dont les entreprises vont se démener pour organiser le télétravail, etc).
La question de savoir si un confinement coercitif est nécessaire ou pas dans un pays relève de spécialités (sociologie, histoire, autres ?) dans lesquelles j'essaye de ne pas m'aventurer, faute de compétences et de goût pour les débats d'opinion. J'ai bien évidemment un avis personnel sur cette question, je lis avec plus ou moins d'intérêt les discussions sur ce sujet, mais je préfère garder mon avis bien au chaud entre mes deux oreilles.
Stegos a écrit:Et j'attend avec impatience les mesures à partir du 11 mai.
Mmh... Leurs effets sur le nombre de nouveaux cas et le nombre de décès ?
Sur le nombre de nouveaux cas, le décalage temporel est d'environ une semaine, donc en théorie on devrait voir arriver ça dès les prochains jours. Pour les décès, plutôt début juin, vu les trois semaines de décalage.
Ce qui m'a donné l'idée d'essayer de calculer le Rt hebdomadaire en me basant sur le nombre de décès par semaine (pour lisser les fluctuations quotidiennes). Mes hypothèses de travail :
- Le ratio décès/infections reste constant : cela suppose par exemple que l'efficacité des soins prodigués aux malades ne s'améliore pas (hélas). Cela dit, si une amélioration est trouvée et appliquée rapidement à grande échelle, le calcul du Rt est faussé sur la période de transition thérapeutique puis redevient fiable.
- La fiabilité des remontées de nombres de décès par les hôpitaux et les Ehpad reste constante d'une semaine sur l'autre, une hypothèse pas toujours vérifiée...
- Le Rt hebdomadaire peut être calculé en divisant le nombre de nouveaux cas de la semaine S par le nombre de nouveaux cas de la semaine S-1.

Sous les hypothèses précédentes, sachant qu'il il y a environ trois semaines de décalage entre l'infection et le décès éventuel, le quotient "nombre de nouveaux cas de la semaine S divisé par le nombre de nouveaux cas de la semaine S-1" peut être assimilé au quotient "nombre de décès de la semaine S+3 divisé par le nombre de décès de la semaine S+2".

J'ai fait le calcul (et pour le coup j'ai utilisé les chiffres compilés dans le tableau du site Politologue... Dent pétée ), ça donne ça :

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Rt_20-11

Commentaires :
- Les Rt de la dernière semaine de mars et de la première semaine d'avril sont faussés (à la hausse fin mars, à la baisse début avril) par la remontée massive d'informations le 15 avril sur les décès en Ehpad.
- Cette méthode de calcul repose en fait sur de nombreuses hypothèses qui ne se limitent pas à celles que j'ai indiquées. J'ai notamment identifié le temps de génération (délai entre deux générations successives de malades) à 7 jours parce que c'était bien commode au vu de la périodicité des variations de remontées d'informations, mais à ma connaissance le temps de génération moyen est plutôt évalué à 6 jours en réalité.
- J'ai fait les mêmes calculs en me basant sur le quotient "nombre de nouveaux cas confirmés de la semaine S divisé par le nombre de nouveaux cas confirmés de la semaine S-1", l'intérêt étant d'obtenir une estimation du Rt avec une semaine de retard seulement (délai approximatif d'apparition des symptômes et de réalisation du test). Les résultats sont éloquents : c'est du grand n'importe quoi. Les tests PCR ne permettent pas de suivre l'évolution de l'épidémie, la politique globale de tests actuelle n'est pas faite pour ça.

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Message par zebu40 le Mar 19 Mai 2020 - 14:17

idem, j'ai hate de voir les données post 11 mai.
Je rejoins notre camarade : le confinement en France, c'est la flemme de rabacher les gestes barrieres, impliquer les partenaires socio économiques (CHST notamment, médecine du travail) ou d'avouer que la médecine du travail est encore un parent pauvre.

Je rappelle, que les allemands, au delà de moins de bisous, poignées de mains font déjà plus preuves de gestes barrieres que les français, et gardent un gout aussi prononcé que les français pour le sport en extérieur (si ce n'est supérieur).

J'aimerai également plus de données pondérées par les tests : encore aujourd'hui on est loin des 700k tests /semaine annoncés en France, nous n'avons toujours pas fini la première vague de tests des patients/personnels en EHPADS, et encore moins du staff en zones Covid des hopitaux.

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Message par 404 le Mar 19 Mai 2020 - 15:51

zebu40 a écrit:
Je rejoins notre camarade : le confinement en France, c'est la flemme de rabacher les gestes barrieres, impliquer les partenaires socio économiques (CHST notamment, médecine du travail) ou d'avouer que la médecine du travail est encore un parent pauvre.

Ouais alors faut pas réécrire l'histoire non plus. Mon souvenir de l'avant confinement c'est :
- "Non mais c'est qu'une petite grippe"
- "Est-ce qu'on en ferait pas trop à tout le temps en parler dans les medias de ce virus? Je me rappelle de la pandémie de H1N1 on nous a fait chier et il s'est rien passé"
- "Les gens sont fous à plus vouloir se toucher, venez on tape le coude pour se dire bonjour (tu sais celui dans lequel tu viens de tousser?)"
- "Moi j'ai pas peur du virus, je vais pas m'arrêter de faire la bise"

Bref, avant le confinement, il y avait une forme de manque de conscience de certaines choses :
1 - le risque de pandémie (ou un sentiment d'immunité dans nos super pays riches où il nous arrive jamais rien?)
2 - l'efficacité potentielle des "gestes barrières" (surtout quand on rapporte ladite efficacité au coût d'arrêter de se serrer la main/faire la bise)

Est-ce qu'un confinement coercitif était nécessaire? De ce que j'ai pu observer autour de moi, les gens ont eu un peu de mal à intégrer la donnée épidémique, et à accepter de modifier leurs comportements (y compris de manière aussi légère que "se dire bonjour autrement"). Je ne nie pas le fait qu'on a TRES mal informé les gens, et qu'on a eu une absence TOTALE de politique de santé publique, et que la situation actuelle reste la conséquence de choix de sociétés passés (qu'en temps que peuple on a encouragé par nos votes, soit dit en passant; et ce peu importe nos convictions individuelles, je parle bien à une échelle de société). Mais malgré tout, et aussi peu représentatif que puisse être cet entourage (encore que), je ne suis pas certain qu'on puisse tout imputer aux institutions. Au delà d'être coercitif et de pallier à certains de nos manquements, le confinement aura aussi été un signal fort pour amener une adhésion populaire importante. Certes, ça reste du paliatif aux manques de politiques de santé publiques, de medias fiables, etc....Mais une fois qu'on constate l'état des choses, les réactions individuelles restent de la responsabilité des individus en question...
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Message par Confiteor le Mar 19 Mai 2020 - 16:06

Yop, globalement, c'est bien joué et rigoureux.
Ni parano, ni naïf.

Au mini les données de l'Imperial College sont sincères faute d'être fiables (et ils le savent).

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Message par fift le Mar 19 Mai 2020 - 16:55

Extra Yop !
La remontée progressive du Rt ne me semble pas très rassurante.

Loxoceles> Je pense qu'il faut distinguer deux choses : la décision de confiner, d'une part, et le caractère coercitif d'autre part.
La décision de confiner a eu un effet très clair. comme le montre l'analyse de Yop ou de l'Imperial College. D'ailleurs, les pays qui avaient décidé de ne pas confiner sont soit revenus sur leur décision, soit en train de s'en mordre les doigts (Suède), soit les deux (UK et Pays-Bas, qui ne communiquent pas sur les décès en maison de retraite et seraient, sinon, au niveau de leurs voisins belges - soit un des pires ratio décès/habitant d'Europe).

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Message par Yop le Mar 19 Mai 2020 - 19:59

Même chose pour la Belgique :

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Commentaires :
- Cette fois je me suis basé sur les chiffres de l'article Wikipedia "Pandémie de Covid-19 en Belgique".
- Les Rt de la dernière semaine de mars et de la première semaine d'avril sont faussés (à la hausse fin mars, à la baisse début avril) par la remontée massive d'informations le 16 avril sur les décès en maisons de repos.
- Les Rt des deux dernières semaines d'avril sont faussés (à la hausse puis à la baisse) par la remontée massive de décès du 6 mai (cause inconnue en ce qui me concerne).
- Du coup la tendance n'est pas très claire, mais si on regarde le mois d'avril au global, on observe grosso modo un Rt au voisinage de 0,7.

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Message par Topsy Turvy le Mar 19 Mai 2020 - 20:31

404 a écrit:
zebu40 a écrit:
Je rejoins notre camarade : le confinement en France, c'est la flemme de rabacher les gestes barrieres, impliquer les partenaires socio économiques (CHST notamment, médecine du travail) ou d'avouer que la médecine du travail est encore un parent pauvre.

Ouais alors faut pas réécrire l'histoire non plus. Mon souvenir de l'avant confinement c'est :
- "Non mais c'est qu'une petite grippe"
- "Est-ce qu'on en ferait pas trop à tout le temps en parler dans les medias de ce virus? Je me rappelle de la pandémie de H1N1 on nous a fait chier et il s'est rien passé"
- "Les gens sont fous à plus vouloir se toucher, venez on tape le coude pour se dire bonjour (tu sais celui dans lequel tu viens de tousser?)"
- "Moi j'ai pas peur du virus, je vais pas m'arrêter de faire la bise"

Bref, avant le confinement, il y avait une forme de manque de conscience de certaines choses :
1 - le risque de pandémie (ou un sentiment d'immunité dans nos super pays riches où il nous arrive jamais rien?)
2 - l'efficacité potentielle des "gestes barrières" (surtout quand on rapporte ladite efficacité au coût d'arrêter de se serrer la main/faire la bise)
[...]
Je partage totalement l'avis de 404 ci-dessus.

Je propose quelques rappels.

Le 14 mars, la France passait en stade 3, et le 17 mars elle passait en confinement strict.
Avant le 14 mars, voire le 17 mars, les gens n'avaient pas capté le sérieux de la situation,
même parmi les participants au fil f(x), ce que je continue de trouver vraiment très fort.

Raoult et d'autres n'ont pas aidé avec des trucs du genre : Coronavirus : Fin de partie !
Raoult a fait une vidéo intitulée : Coronavirus : Moins de morts que par accident de trottinette,
ceci alors que la Chine avait construit des hôpitaux en un temps record un mois auparavant.

Elle n'a pas été aidée, la France.
Fallait-il un confinement strict ?
No idea...
On verra peut-être au déconfinement ?


Mes rappels s’appuient sur ceci, entre autres.

Chronologie sur wikipédia :

Pandémie de Covid-19 en France
[...]
Déclenchement du stade 3 et instauration du confinement
Le 14 mars, le bilan est de 4 500 cas confirmés, chiffre qui a doublé en 72 heures, et 91 décès en contexte hospitalier. Le stade 3 est déclenché, l'objectif n'étant alors plus de casser les chaînes de transmission mais d'atténuer les conséquences de l'épidémie en permettant aux services de réanimation de prendre en charge la totalité des patients, et le Premier ministre Édouard Philippe annonce à compter du 14 mars à minuit et jusqu'à nouvel ordre, la fermeture de tous les lieux publics non-indispensables, les premières mesures prises de limitation des rassemblements [étant] imparfaitement appliquées. Les exceptions sont les pharmacies, les banques, les magasins alimentaires, les stations-service, les bureaux de tabac et les bureaux de presse. Les Français sont invités à limiter leurs déplacements.
[...]
À partir du 17 mars à 12 h, afin de réduire à leur plus strict minimum les contacts et les déplacements, la population est confinée à domicile sauf pour des motifs autorisés, afin de stopper la diffusion exponentielle du coronavirus et, ce faisant, réduire le plus possible le nombre de personnes atteintes et donc de morts.
[...]
https://fr.wikipedia.org/wiki/Pandémie_de_Covid-19_en_France#Déclenchement_du_stade_3_et_instauration_du_confinement
Le 14 mars (alors que le stade 3 était enclenché) au sujet d’un PDF proposé par Hotaru et en réponse à Pieyre, j’écrivais  :
Topsy Turvy le Sam 14 Mar 2020 - 11:33 a écrit:une chose qui me paraît manquer, c'est un résumé qu'il faudrait transmettre au plus grand nombre en plus du document original

Il propose au contraire un développement du résumé très clair :
Action ! Now !

L'information, il y a plein de gens qui la répètent en boucle :
-les chercheurs, l'OMS, etc. mais les gens ne captent pas ;
-la presse avisée (BBC, etc.), mais les gens ne captent pas ;
-les observateurs avertis ici et là, mais les gens ne captent pas.

Rien que sur ce fil, qui a vraiment capté l'intérêt initial de Stegos ?

Il écrivait le 27.01 : "Les jours qui viennent risquent d'être intéressants".
Le 28.01 : "ça explique peut être pourquoi les chinois son en mode "on isole 60'000'000 personnes et on construit deux hôpitaux dans la semaine".
Le 29.01 : "Quand j'ai vu le gouvernement chinois il y a quelques jours passer en mode "Goldorak", i.e. confinement de pas loin de 60'000'000 de personnes (il y a combien de personnes en France, déjà ? ), et en mode "on aura construit 2 hôpitaux à la fin de la semaine", je me suis dit qu'il se passait "un truc", et que ça valait la peine de lancer le tableur."
...
Avec régulièrement, du début à...(hier? jamais?) des interventions du style :
"tais-toi, non, c'est rien, il ne se passe rien, parlons plutôt de la grippe".

Si tu regardes les >500 réponses en bas du document de Pueyo en anglais, tu pleures.

« C’est qui ce type qui veut nous manipuler ?"
"S'il dit ça, c'est pour vendre ses cours à distance."


Un résumé du document ne rendra pas le message plus clair, malheureusement.
https://www.zebrascrossing.net/t39695p500-fx-coronavirus-covid-19#1684982
Dans la suite des échanges, il y a ceci :
fift le Sam 14 Mar 2020 - 12:07 a écrit:[...]
Pas d'accord avec ça, au moins au niveau du grand public.
Madame Fift, Maître de conférences (donc "un peu" sensibilisé à la démarche scientifique) n'arrivait toujours pas à comprendre le fond du problème. Etant surchargée de boulot, elle n'a pas le temps de se plonger dans des recherches même superficielles (et le sujet ne l'intéresse pas plus que ça) et ne fréquentant pas internet/forums/réseaux sociaux, elle n'a comme source d'information générale (comme la grande majorité des français) que les médias généralistes.

Et je la rejoins sur ce point : le "pourquoi" de la dangerosité du virus n'a JAMAIS été abordé et clairement expliqué.
Le seul truc que j'ai trouvé d'à peu près abordable pour tout le monde, c'est le billet de Science étonnante dont j'ai posté le lien un peu plus haut.

 Topsy Turvy le Sam 14 Mar 2020 - 12:29 a écrit:Je ne peux en effet pas me prononcer pour la presse française.
La dangerosité du virus et le pourquoi, moi, je l'ai lu à tous les niveaux,
de la presse généraliste (BBC News...) aux articles scientifiques (Lancet...).
Ici, j'en ai parlé à pas mal de reprises il me semble, sans aucun effet, ok.

J'ai même créé un fil d'informations de bio(tech) au sujet des (corona)virus.
Je ne peux pas forcer les gens à absorber les infos, juste contribuer à relayer.
C'est ce que fait aussi Stegos depuis le début sur f(x)= (mesures en place,...).

Après, on peut nous reprocher de noyer les gens sous l'information.

Et donc, même ici, l'info n'est pas passée.
L'info y était pourtant, et argumentée.
Plus tard, le 16 mars au soir et le 17 mars en mi journée (alors que le confinement était mis en place à midi), quelques messages :
Siamois93 le Lun 16 Mar 2020 - 22:31 a écrit:D'abord je repose cette vidéo de l'IHU Méditérannée Infection avec leurs résultats de ce jour : Plus de virus en 6 jours.
[...]
https://www.zebrascrossing.net/t39751-fx-coronavirus-covid-19#1686137

My_illusion le Mar 17 Mar 2020 - 8:59 a écrit:[...]
J’espère que le cycliste en état critique d’hier soir a pu recevoir un respirateur vu que c’est une denrée rare à cause des hospi covid19. Sans, il meurt d’office, son état était très critique.... c’est un accident de la route qui fait combien de morts annuellement?... ah oui c’est trop banal, pour qu’on en fasse un sujet ? La mode, toussa toussa.
https://www.zebrascrossing.net/t39751-fx-coronavirus-covid-19#1686332

Topsy Turvy le Mar 17 Mar 2020 - 11:32 a écrit:c’est un accident de la route qui fait combien de morts annuellement?... ah oui c’est trop banal, pour qu’on en fasse un sujet ? La mode, toussa toussa.

Quel est le problème des gens qui se plaignent qu'on ne parle pas d'autre chose ?

Il n'y pas assez de place sur le forum pour que chacun ouvre des topics sur ce qu'il veut?

SARS-CoV-2 et covid-19 sont-ils vraiment une question de mode ?

Vous avez l'intention de continuer de troller pour noyer les informations pertinentes ?
https://www.zebrascrossing.net/t39751p50-fx-coronavirus-covid-19#1686387
Pour mémoire, les participants à f(x) se faisaient insulter depuis le 4 février :
https://www.zebrascrossing.net/t39751p50-fx-coronavirus-covid-19#1686387
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Message par Topsy Turvy le Mar 19 Mai 2020 - 21:48

J'y copie là, parce que je trouve que c'est dans le thème de mon précédent message :
Stegos a écrit:

J'ai hésité à mettre sur f(x)=

Pété de rire


Le problème avec ce virus, à la base, c'est la pression sur les systèmes de santé.
Un bout d'un article récent au sujet de la Russie :

Covid-19: Cases rise in Russia as health workers pay the price for PPE shortage
BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1975 (Published 14 May 2020)
Cite this as: BMJ 2020;369:m1975
[...]
La pandémie survient après huit ans de coupes dans le système de santé russe, qualifiées par le gouvernement d’optimisation mais consistant principalement en fermetures et réductions de personnel. Il y a un mois, Moscou a appelé des étudiants en médecine de 21 ans au front. Le système était déjà tendu, avec une petite fraction des cas de maintenant.

Le 12 mai, le jour où Poutine a annoncé l'assouplissement des restrictions, un incendie dans un hôpital de Saint-Pétersbourg a tué six patients ventilés. Comme un incendie d'hôpital de Moscou trois jours plus tôt qui a tué un patient, il semble avoir commencé dans un ventilateur Aventa-M, dont la Russie a construit des milliers au cours des deux derniers mois.

Les ventilateurs Aventa-M ont été mis hors ligne pendant qu'une enquête se poursuit. Plusieurs centaines ont été achetés à la Russie par l'administration Trump le mois dernier, mais ceux-ci n'ont jamais été déployés dans les hôpitaux américains car ils utilisaient la mauvaise tension.

La préoccupation la plus immédiate des médecins russes est la pénurie d'équipements de protection individuelle (EPI). Le gouvernement a réprimé la publication de médecins sur les médias sociaux, en vertu d'une nouvelle loi qui criminalise les "fausses nouvelles" sur le virus, mais des rapports de pénurie continuent d'émerger. Un rapport publié par un médecin de l'hôpital Botkinskaïa de Moscou, depuis supprimé, a indiqué que 36 médecins étaient malades de Covid-19 en raison d'un manque d'EPI.

Le 13 mai, le gouverneur Alexander Beglov de Saint-Pétersbourg a déclaré que 1 500 agents de santé y étaient infectés, ce qui représenterait près d'un cinquième des cas signalés dans la ville. Un mémorial créé en ligne par des médecins anonymes enregistre les noms de 174 agents de santé russes décédés lors de la pandémie.

La pression à laquelle les médecins russes sont confrontés a été mise en évidence par les cas de trois personnes qui sont tombées des fenêtres au cours des trois dernières semaines. L'un d'eux, Alexander Shulepov, a survécu mais est dans un état critique. Il avait précédemment posté une vidéo dans laquelle il se plaignait d'avoir été contraint de continuer à travailler à Voronej après avoir été testé positif pour covid-19. Il est tombé d'une fenêtre de l'hôpital où il était soigné.

Elena Nepomnyashchaya, médecin-chef d'un hôpital de Krasnoyarsk, en Sibérie, serait tombée par la fenêtre lors d'une réunion vidéo avec les autorités provinciales qui lui ont ordonné d'ouvrir une nouvelle salle Covid-19, pour laquelle elle sentait que l'hôpital n'était pas préparé.

La Russie a signalé beaucoup moins de décès par cas que la plupart des pays, ce qui fait soupçonner que beaucoup de ceux qui succombent à Covid-19 sont répertoriés sous d'autres causes de décès. Moscou a fait état de 658 décès survenus au 19 avril, mais les données globales sur la mortalité de la ville indiquaient 1855 décès de plus qu’en avril dernier.
[...]

La page de mémorial pour les soignants russes :
https://sites.google.com/view/covid-memory/home
(Plus de 240 noms ce jour, voir les âges des victimes.)

Le mémorial de medscape pour les soignants :
https://www.medscape.com/viewarticle/927976#vp_1
(Plus de 1000 noms le 1er mai déjà, voir aussi les âges.)
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Message par RonaldMcDonald le Mar 19 Mai 2020 - 22:59

Pour être honnête, je n'ai réellement capté la gravité de la situation que quand Macron a fait son discours. Mais je n'ai pas pris de risques. Dès fin février, je saluais mes collègues de loin...comme si j'étais enrhumé. Histoire qu'on ne puisse rien me reprocher au cas ou j'ai sous-estimé la gravité de la situation.
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Message par Romulus le Mer 20 Mai 2020 - 8:52

RonaldMcDonald a écrit:Pour être honnête, je n'ai réellement capté la gravité de la situation que quand Macron a fait son discours. Mais je n'ai pas pris de risques. Dès fin février, je saluais mes collègues de loin...comme si j'étais enrhumé. Histoire qu'on ne puisse rien me reprocher au cas ou j'ai sous-estimé la gravité de la situation.

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Message par Yop le Mer 20 Mai 2020 - 11:05

Amélioration du calcul du Rt hebdomadaire en France :

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* Pour corriger le bug lié à la remontée d'informations du mercredi 15 avril sur les décès en Ehpad, j'ai regardé quelle proportion des décès hebdomadaires était remontée les mercredis. Sur les 2 semaines précédentes (29 mars au 11 avril), je constate que le nombre le nombre de décès déclaré le mercredi représente environ 10 % des décès déclarés sur les 6 autres jours de la semaine. Sur la semaine du 12 au 18 avril, il y a eu 4053 remontées de décès sans compter le mercredi 15, donc je remplace les 1438 décès officiels du 15 avril par 405, puis je répartis le reliquat (1433 décès) du 1er mars au 14 avril, au prorata du nombre de décès quotidien.
Au final, ça modifie uniquement les Rt de la dernière semaine de mars et de la première semaine d'avril, d'une manière qui me semble crédible.

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Message par Pabanal le Mer 20 Mai 2020 - 11:16

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Message par Yop le Mer 20 Mai 2020 - 11:18

Amélioration du calcul du Rt hebdomadaire en Belgique :

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Rt_bel11

Même principe que pour la France, en prenant en compte les informations suivantes :
- Le 31 mars, 98 nouveaux décès ont été rapportés auxquels il faut ajouter 94 décès enregistrés les jours précédents -> pas de modification des données compte tenu du manque de précision sur les dates
- Le 7 avril, 162 nouveaux décès ont été rapportés auxquels il faut ajouter 241 décès enregistrés entre le 1er et le 4 avril dans les maisons de repos en Flandre -> modification des données sur les deux semaines concernées
- Le 10 avril, 325 nouveaux décès ont été rapportés auxquels il faut ajouter 171 décès enregistrés entre le 18 et le 31 mars dans les maisons de repos en Flandre -> répartition des 171 décès sur la période concernée au prorata des décès quotidiens
- Le 25 avril, en plus des décès des dernières 24 heures, sont rapportés 58 décès survenus en maison de repos en Flandre, le 23 avril -> pas d'incidence sur le total de décès hebdomadaire
- Le 6 mai, 110 décès ont été rapportés auxquels il faut ajouter 229 décès survenus en milieu hospitalier entre le 24 mars et le 4 mai 2020 -> répartition des 229 décès sur la période concernée au prorata des décès quotidiens

Ces corrections de données modifient tous les Rt hebdomadaires du tableau ; le résultat me parait nettement plus cohérent.

Yop

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Message par siamois93 le Jeu 21 Mai 2020 - 21:56

Les statistiques mensuelles de l'INSEE sont elles valables ?
Si quelqu'un sait pourquoi les morts de Janvier 2019 sont toujours provisoires (p), je veux bien l'info.

https://insee.fr/fr/statistiques/serie/001641603#Tableau
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http://taijiquan.neuronnexion.fr

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Message par Loxosceles le Ven 22 Mai 2020 - 14:05

Je suppose que la réponse est plus ou moins ici :

https://blog.insee.fr/statistiques-sur-les-deces-le-mode-demploi-des-donnees-de-linsee-en-7-questions-reponses/

Habituellement, l’Insee diffuse vers le 23 de chaque mois le nombre de décès du mois précédent au niveau national. Cette diffusion a un statut provisoire au sens où elle ne couvre pas la totalité des décès. Le taux de couverture au 23 avril était de 98,7 % pour les mois de mars 2018 comme 2019. Un mois plus tard, au 23 mai, la couverture du mois de mars s’améliore d’un point : le taux passe à 99,6 %. Il faudra parfois plusieurs mois pour couvrir les derniers décès. Ceux-ci peuvent être enregistrés beaucoup plus tardivement pour de multiples raisons, notamment des envois tardifs par des communes, mais aussi quelques jugements de décès à la suite d’une disparition par exemple.

Si on en juge par les taux avancés, si les chiffres sont provisoires, ils sont toutefois fiables à plus de 99% selon l'INSEE.
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Message par fift le Ven 22 Mai 2020 - 15:47

Merci Loxoceles, information intéressante.

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Message par fift le Ven 22 Mai 2020 - 16:08

Petite question très con (je préfère prévenir) : en admettant qu'on soit immunisé une fois qu'on a chopé le virus, est-ce qu'il ne serait pas possible "d'organiser" la contamination ?

On met dans une même salle des personnes contaminées et des personnes saines, on isole les personnes saines dès qu'elles sortent, etc.

(oui, je sais que c'est très con, que socialement, tout ça, libertés individuelles et tout le toutim, mais techniquement, ça pourrait marcher en l'absence de vaccin, non ?)


PS : je suis probablement en train de faire une rechute, ou une recontamination. Tests PCR et sérologie passés ce matin, résultats début semaine prochaine.

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Message par RonaldMcDonald le Ven 22 Mai 2020 - 16:14

Justement, on est pas forcément immunisé quand on l'a déjà eu. Paolo Dybala a été contrôlé 4 fois positif en l'espace de deux mois. Il a eu des symptômes deux semaines, et a eu du mal à respirer pendant deux jours (un sportif professionnel). Sa copine, pareil.

Le pari de l'immunité, c'est un pari. SI l'immunité ne marche pas (et les infos sont contradictoires à ce sujet), tout le monde perd.
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Message par fift le Ven 22 Mai 2020 - 16:18

Ronald> le cas de Paolo Dybala n'est pas forcément une re-contamination. Ca peut juste être une rechute, non ? Ma question était purement théorique, hein, car d'une part, effectivement, on ne sait rien sur l'immunité, et d'autre part, ça me paraît difficilement acceptable socialement.

Je pense que début de semaine j'aurai déjà un début de réponse, car si la sérologie me dit que c'est une nouvelle contamination, on saura que l'immunité ne fonctionne pas ...
(plus probable que ce soit une rechute, ceci dit, parce que je ne sors quasiment pas, et systématiquement avec masque et gel hydro).

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Message par St'ban le Ven 22 Mai 2020 - 16:45

l'immunité serait proportionnelle au degré d'exposition au Covid-19.
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Message par Stegos le Ven 22 Mai 2020 - 16:59

fift a écrit:Petite question très con (je préfère prévenir) : en admettant qu'on soit immunisé une fois qu'on a chopé le virus, est-ce qu'il ne serait pas possible "d'organiser" la contamination ?

On met dans une même salle des personnes contaminées et des personnes saines, on isole les personnes saines dès qu'elles sortent, etc.

(oui, je sais que c'est très con, que socialement, tout ça, libertés individuelles et tout le toutim, mais techniquement, ça pourrait marcher en l'absence de vaccin, non ?)


PS : je suis probablement en train de faire une rechute, ou une recontamination. Tests PCR et sérologie passés ce matin, résultats début semaine prochaine.

Va faire un test serologique, un test sanguin, et un frottis au fond de la gorge.
Une connaissance à chopé le COVID au début, la fièvre n'est JAMAIS retombée (35 jours à 39°-40°), elle a perdu 28kg (et elle en avait pas besoin), le SAMU est venu 3 fois, ils ont TOUT fait pour qu'elle n'aille pas à l'hosto, 40 jours + tard ils l'ont ENFIN testé (ils ont ENFIN reçu les tests ouaip), verdicts.

-Sérologie positive, elle a EU le COVID
-PCR négative, elle ne l'a plus
-Scan thoracique, traces pulmonaires de COVID
-Frottis positif, angine a streptocoques

Au final...
AZITHROMYCINE (pour l'angine), et plaquénil (pourquoi pas), et c'est vraiment par hasard que c'est le protocole Raoult...

et régime grossissant d'urgence....

Ah oui, et l'autre personne du couple....ben...même traitement...

Mais c'est magique...une personne qui va rentrer dans les stats comme étant GUÉRIE, sans jamais avoir été MALADE, c'est mignon (et ça en dit long sur la fiabilité des stats)
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Message par Topsy Turvy le Ven 22 Mai 2020 - 17:05

Tu nous tiens au courant fift ? Pure curiosité de ma part...

Il y a un peu tous les cas de figure dans les récurrences observées (avec des cas asiatiques surtout, de ce que je vois dans la littérature).

Un cas italien ayant conduit à une seconde hospitalisation a montré alors à nouveau des symptômes, y compris pulmonaires importants attestés en CT scan, à nouveau une présence de matériel génétique du virus (PCR positive) et encore une sérologie positive pour les IgG, mais plus pour les IgM. Comme si le système immunitaire avait bien appris sa leçon, mais que ça n'avait pas suffit à éviter une nouvelle flambée.

L'illustration qui résume le déroulement dans le temps :
https://link.springer.com/article/10.1007/s15010-020-01444-1/figures/1
L'article complet :
Loconsole, D., Passerini, F., Palmieri, V.O. et al. Recurrence of COVID-19 after recovery: a case report from Italy. Infection (2020). https://doi.org/10.1007/s15010-020-01444-1
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Message par St'ban le Ven 22 Mai 2020 - 17:20

Spoiler:

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Message par RonaldMcDonald le Ven 22 Mai 2020 - 17:25

Et pendant ce temps là, le gouvernement américain cherche uniquement des scientifiques qui lui soient favorables.

https://www.patheos.com/blogs/lovejoyfeminism/2020/05/its-rank-unadulterated-propaganda-time.html

La dame qui commente est orientée, et tout (et en même temps un poil naïve), mais les citations qu'elle fait se suffisent à elle même.

Tim Murtaugh, the Trump campaign communications director, confirmed to AP that an effort to recruit doctors to publicly support the president is underway, but declined to say when the initiative would be rolled out.

“Our job at the campaign is to reflect President Trump’s point of view,” Murtaugh said. “We are his campaign. There is no difference between us and him.”

On the May 11 call, Nancy Schulze, a GOP activist who is married to former Rep. Dick Schulze, R-Pa., said she had given the campaign a list of 27 doctors prepared to defend Trump’s reopening push.

“There is a coalition of doctors who are extremely pro-Trump that have been preparing and coming together for the war ahead in the campaign on health care,” Schulze said on the call. “And we have doctors that are … in the trenches, that are saying ‘It’s time to reopen.’”

The idea quickly gained support from Mercedes Schlapp, a Trump campaign senior adviser who previously served two years as the president’s director of strategic communications.

“Those are the types of guys that we should want to get out on TV and radio to help push out the message,” Schlapp said on the call.

et deux ou trois autres tout aussi gratinées. Ils disent ouvertement chercher une réponse scientifique qui satisfasse les choix de leur cher leader.
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Message par fift le Ven 22 Mai 2020 - 17:26

Oui je vous tiens au courant, je me doute que ça vous intéresse - également si je me joins à l’étude de l’hotel-Dieu.

Stegos > pour l’instant, prise de sang (sérologie) et double test PCR (25% de faux négatifs ...). On verra la suite pour les autres tests si nécessaire et si le PCR ne colle pas au tableau clinique.
Sinon, si ton amie est en France, elle a été comptabilisée comme malade : le diag clinique était suffisant pour être comptabilisée (pas comme « confirmée », mais pour l’hospitalisation et en cas de décès suite à hospitalisation). D’ailleurs les « guéris » ne sont pas des « guéris » mais des « retours à domicile après hospitalisation » (dixit Santé Publique France).

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Message par Yop le Ven 22 Mai 2020 - 18:45

L'Imperial College a publié sur son site une estimation de l'évolution de l'épidémie de covid-19 aux USA, État par État... et dont les données s'arrêtent aussi au 9 mai, soit 2 jours après la démission de Neil Ferguson.
https://mrc-ide.github.io/covid19usa/#/overview

Carte des probabilités que l'épidémie soit en régression au 9 mai 2020 :

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Usa_ov10

Et le site annonce une reprise prochaine des estimations en Europe, avec prise en compte des mesures de déconfinement. Yes !

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Message par fift le Ven 22 Mai 2020 - 18:49

Merci Yop, mais j'ai du mal à voir l'intérêt de cette carte : pour les Etats à 0%, on ne sait pas si c'est parce qu'il n'y a pas de contamination, ou parce que la contamination est en hausse.

Pour l'imperial college, j'avoue que je trouve parfois leurs analyses ... perfectibles pour ne pas dire plus. Ils donnent parfois des chiffres issus de leurs simulations qui mériteraient d'être un peu revus avant publication (je n'ai plus les exemples en tête, mais c'est arrivé plusieurs fois).

Mais bon, toute donnée et toute analyse est toujours bonne à prendre, avec les précautions qui vont bien.

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Message par Yop le Ven 22 Mai 2020 - 19:33

Pour ce que j'en comprends, l'IC calcule le Rt en estimant l'impact des limitations de déplacement et mesures de distanciation sur le Ro. Les nouveaux cas confirmés ne sont pas pris en compte puisque ces chiffres sont soumis à de nombreux aléas qui les rendent inexploitables.
L'IC prend en compte les décès dus au covid-19 pour calculer les transmissions effectives au moment de l'infection, donc plusieurs semaines auparavant.
https://mrc-ide.github.io/covid19estimates/#/

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Message par Invité le Ven 22 Mai 2020 - 21:12

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Dernière édition par zebbnam le Sam 23 Mai 2020 - 1:05, édité 2 fois

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Message par Topsy Turvy le Ven 22 Mai 2020 - 21:44

J'aime bien cette carte des US. Elle résume assez joliment s'il y a augmentation, stagnation ou diminution des nouvelles contaminations, et ça permet de voir en parallèle tous les états, plutôt que l'un après l'autre avec les graphes de Johns Hopkins.
Ils ne feraient pas l'équivalent pour les différents pays du globe ?
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Message par Topsy Turvy le Sam 23 Mai 2020 - 8:54

L'Amérique latine entre enfin officiellement vraiment dans la danse.
Elle y est pour beaucoup si l'augmentation des cas accélère à nouveau.
Merci qui ? Merci Bolsonaro et autres partisans de la petite grippette !

Cela dit, l'Inde a beau faire ce qu'elle peut, elle participe joliment aussi.
Et le gros du Moyen-Orient. Et l'Indonésie. Ceux-ci étant en festivité d'Aïd.
L'Afrique tire vers le haut également, mais sa contribution reste modeste.

It's a beautiful world et on a certainement pas fini d'en parler, à mon avis.

Une droite le long de la courbe, pour rendre visible l'accélération récente :

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Tmp23010

La courbe brésilienne, pour visualiser sa contribution à la courbe mondiale :

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Tmpbr10
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Message par Yop le Sam 23 Mai 2020 - 9:24

Je ne trouve plus sur le site de l'Imperial College d'infographie à l'échelle mondiale montrant leur estimation de l'évolution de la pandémie. Les cartes que j'avais relayées ont disparu.

Par contre dans COVID-19 planning tools > Weekly short-term global forecasts, on trouve un tableau de leurs estimations (en date du 17-05-20) des Rt d'une cinquantaine de pays, et du nombre de décès pour la semaine en cours :

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Monde_10

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Message par Yop le Sam 23 Mai 2020 - 9:36

Les estimations des Rt des mêmes pays, groupés par régions du monde, avec la boîte à moustaches :

Afrique :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Afriqu10
Amérique du Nord :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Amzori10
Amérique du Sud :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Amzori11
Asie :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Asia_210
Europe :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Europe10

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Message par Topsy Turvy le Sam 23 Mai 2020 - 9:41

Cool, merci Yop !

Quelques compléments liés au Brésil :
- plus de 30% des plus de 21'000 décès annoncés covid-19 au Brésil sont de personnes de moins de 60 ans (contre 5% en Italie ou Espagne) ;
- au début de la semaine, le maire de Sao Paulo a dit que le système de santé y était au bord de l'effondrement (les hôpitaux publics étant alors déjà à 90% des capacités maximales), qu'à ce rythme celui-ci ne pourrait tenir que deux semaines encore.
A suivre...
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Message par Stegos le Sam 23 Mai 2020 - 10:53

Je regarde les médias, les jurnaux, la TV, et j'ai l'impression d'assister à un sentiment de "Yahoo, c'est derrière nous, on va pouvoir faire la fête...."

C'est beau, mais j'ai l'impression que c'est un peu idéalistiquement optimiste.

Quand il y avait 1000 malades, on avait une cohorte de sachants-auto-proclamés, voire pire, élus, qui nous ont sortis des tombereaux de sottises.

Maintenant qu'il y a  4'793'727 malades sur la planète  (5'127'125 cas confirmés,  333'398 morts, en sachant que les statistiques sont des foutaises), et il faudrait s'imaginer que "tout va très bien Mme la Marquise", la saloperie va disparaître avant l'automne, youpi...

En fait, les scénarii possibles sont les suivants

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Photo_67

Ou, bien entendu, l'épidémie peut disparaître comme par magie
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Message par Yop le Sam 23 Mai 2020 - 11:16

Au Paragraphe "Case Ascertainment" de leurs Short-term forecasts, l'Imperial College fournit un tableau par pays suivis des ratios Décès/Cas confirmés et Cas confirmés/Cas réels. En multipliant ces deux ratios, on obtient normalement la létalité du covid-19.
J'ai fait les calculs :
Spoiler:
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Letcov10
J'en déduis que :
- L'IC évalue la létalité du covid-19 à 1,38 % ;
- L'IC n'a pas du tout envie de se fâcher avec l'Arabie Saoudite, la Biélorussie et la Russie.

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Message par Topsy Turvy le Sam 23 Mai 2020 - 11:46

100% des cas connus
Pété de rire


En France, on a eu droit à la petite grippette, qui ne passe pas les frontières,...
et on n'a pas fini de s'amuser.

Un article d'hier de l'Agence France Presse (dont le contenu peut donc se retrouver partout dès aujourd'hui) :
Coronavirus: entre prudence et espoir, que penser de la baisse des indicateurs ?

Réanimations, décès, contaminations... Près de 15 jours après le déconfinement, ces indicateurs sont plutôt positifs. Les autorités jugent qu'il est trop tôt pour en tirer des conclusions, mais certains scientifiques n'hésitent plus à dire que l'épidémie de Covid-19 est derrière nous, avec l'éventualité qu'une partie de la population soit immunisée.
[...]
"Eventuellement quelques cas sporadiques apparaîtront ici ou là (mais) l'épidémie est en train de se terminer", a assuré le controversé Pr Didier Raoult dans une vidéo mise en ligne le 12 mai.

Un point de vue défendu par d'autres, selon qui l'épidémie a touché tous ceux qu'elle pouvait toucher.  Leur argument central: il est faux de considérer que l'intégralité de la population est une cible.

"Une partie non négligeable de la population pourrait ne pas être sensible au coronavirus, parce que des anticorps non-spécifiques de ce virus peuvent l'arrêter", dit à l'AFP l'épidémiologiste Laurent Toubiana.

Un avis partagé par le Pr Yonathan Freund, urgentiste à l'hôpital parisien de la Pitié-Salpêtrière. Il est frappé par la baisse drastique du nombre de contaminations chez ses collègues par rapport au début de l'épidémie.

"Aux urgences et à l'hôpital, on est particulièrement exposés. Si le virus circulait autant qu'avant et qu'on était tous susceptibles d'être touchés, on se serait contaminés entre nous ou on l'aurait été par les malades", explique-t-il à l'AFP.

"Or, une grande majorité des médecins n'ont pas été touchés du tout. C'est de la pure spéculation mais ça pourrait vouloir dire que des gens ont une immunité naturelle ou acquise", avance-t-il.

Cette hypothèse, qui reste à vérifier, a été soulevée par des chercheurs américains dans la revue spécialisée Cell: selon eux, 40 à 60% de la population pourraient être immunisés contre le Covid-19 sans même y avoir été exposés.

Ces individus pourraient avoir acquis cette protection en étant exposés par le passé à d'autres coronavirus qui causent de banals rhumes (c'est ce qu'on appelle une "immunité croisée").

Dans cette hypothèse, le nouveau coronavirus n'aurait désormais plus beaucoup de monde à infecter.

"Ce virus n'est pas un marathonien, c'est un sprinter: il s'épuise très vite", résume pour l'AFP le Pr Jean-François Toussaint, directeur de l'Institut de recherche biomédicale et d'épidémiologie du sport (Irmes), qui ne croit pas non plus à une deuxième vague.
[...]
"Je comprends qu'on soit très frileux à l'idée de faire une nouvelle prophétie, car tout le monde s'est tellement planté au départ et moi le premier", argumente pour sa part le Pr Freund.

Après avoir détaillé sur Twitter son hypothèse d'une fin d'épidémie, il balaye les procès en irresponsabilité: "Il ne s'agit pas d'asséner des vérités mais je dis mon impression en tant que scientifique, chercheur, professeur et je ne vois pas pourquoi je ne la dirais pas".

"Il faut arrêter d'infantiliser tout le monde", estime-t-il. "Si jamais je me trompe et qu'il y a une nouvelle circulation du virus, eh bien on le verra et on pourra prendre des mesures."
https://www.afp.com/fr/infos/334/coronavirus-entre-prudence-et-espoir-que-penser-de-la-baisse-des-indicateurs-doc-1s28ue5

No blame, no shame... et ça paraît même l'occasion de se faire un name.

Au secours.
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Message par fift le Sam 23 Mai 2020 - 11:54

Le truc important dans cet article, c'est ... l'usage du conditionnel Pété de rire.
Ceci dit, ces observations à l'hôpital sont intéressantes.
Maintenant, pour moi, c'est à prendre comme une hypothèse ou une piste à étudier, pas comme une vérité absolue. J'ai peur en revanche que tout le monde ne prenne pas cette précaution ...

(c'est marrant comme j'ai l'impression que souvent, le conditionnel se transforme rapidement en présent dès la première reprise d'un article ...)

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Message par Topsy Turvy le Sam 23 Mai 2020 - 12:30

"Aux urgences et à l'hôpital, on est particulièrement exposés. Si le virus circulait autant qu'avant et qu'on était tous susceptibles d'être touchés, on se serait contaminés entre nous ou on l'aurait été par les malades"

Je trouve cette idée très bizarre, comme si les EPI (masques, lunettes, combi,...) c'était pour la déco.

Un article suggère l'efficacité des mesures d'hygiène en hôpital (ici résumé traduit) :
CONTEXTE: Le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 est associé à une manifestation respiratoire sévère, COVID-19, et présente un défi pour les systèmes de santé du monde entier. Les travailleurs de la santé sont une cohorte vulnérable à l'infection par le SRAS-CoV-2 en raison des contacts fréquents et étroits avec les patients atteints de COVID-19. CONCEPTION DE L'ÉTUDE: Des échantillons de sérum de 316 travailleurs de la santé de l'hôpital universitaire d'Essen, en Allemagne, ont été testés pour les anticorps SARS-CoV-2-IgG. Un questionnaire a été utilisé pour recueillir des données démographiques et cliniques. Les travailleurs de la santé ont été regroupés en fonction de la fréquence des contacts avec les patients COVID-19 dans le groupe à haut risque (n = 244) avec un contact quotidien avec des patients positifs ou suspects à SRAS-CoV-2 connus, groupe à risque intermédiaire (n = 37 ) avec un contact quotidien avec des patients sans infection connue ou suspectée au SRAS-CoV-2 à l'admission et un groupe à faible risque (n = 35) sans contact avec le patient. RÉSULTATS: Dans 5 des 316 (1,6%) travailleurs de la santé, des anticorps SARS-CoV-2-IgG ont pu être détectés. La séroprévalence était plus élevée dans le groupe à risque intermédiaire contre le groupe à risque élevé (2/37 (5,4%) vs 3/244 (1,2%), p = 0,13). Quatre des cinq sujets ont été testés négatifs pour le SRAS-CoV-2 via PCR. Un sujet (20%) n'a pas été testé par PCR car il était asymptomatique. CONCLUSION: La séroprévalence globale du SRAS-CoV-2 chez les agents de santé d'un hôpital tertiaire en Allemagne est faible (1,6%). Les données indiquent que la norme d'hygiène locale pourrait être efficace.
SARS-CoV-2-specific antibody detection in healthcare workers in Germany with direct contact to COVID-19 patients,
Johannes Korth, Benjamin Wilde, Sebastian Dolff, Olympia E. Anastasiou, Adalbert Krawczyk, Michael Jahn, Sebastian Cordes, Birgit Ross, Stefan Esser, Monika Lindemann, Andreas Kribben, Ulf Dittmer, Oliver Witzke, Anke Herrmann,
Journal of Clinical Virology, Volume 128, 2020, 104437,
https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104437.
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Message par fift le Sam 23 Mai 2020 - 12:48

Topsy> Certes, les mesures de protection ont un effet.
Mais elles avaient aussi un effet en début de crise non ?

Ou alors, c'est que les témoignages comparent une situation sans mesures de protection (ou des mesures "système D") et une situation actuelle avec des équipements standards. Dans ce cas, évidemment, la comparaison ne vaut pas.

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Message par ʦuke le Sam 23 Mai 2020 - 12:51

Yop a écrit:- L'IC n'a pas du tout envie de se fâcher avec l'Arabie Saoudite, la Biélorussie et la Russie.

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Message par fift le Sam 23 Mai 2020 - 13:21

Yop a écrit:Les estimations des Rt des mêmes pays, groupés par régions du monde, avec la boîte à moustaches :

Afrique :
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Amérique du Nord :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Amzori10
Amérique du Sud :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Amzori11
Asie :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Asia_210
Europe :
f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Europe10

C'est là où je ne comprends pas les chiffres de l'IC et que je trouve que ça ne colle pas, mais alors pas du tout aux observations :
- l'Espagne avec un taux de propagation équivalent à l'Allemagne (bon, ça, encore, on pourrait estimer qu'aujourd'hui, avec les mesures appliquées, ça pourrait être le cas, pourquoi pas).
- UK avec un taux de propagation inférieur à celui de la Suisse !!! Alors que c'est un des derniers pays ouest-européens où l'épidémie est en progression
- France et Italie quasiment à 1, alors que l'épidémie a connu un arrêt drastique en termes de propagation.
- la Suède avec un R inférieur à 1, alors que le nombre de décès journaliers ne cesse de croître

Bref, j'ai un peu de mal quand même (je veux bien l'explication, hein).

Pour le calcul des cas estimés, comment est-ce qu'ils procèdent ? Pour moi, ils commençaient par estimer un taux de létalité, basé sur d'autres études de cas, puis ils en déduisent un nombre de cas réels estimés en considérant que le taux de létalité est le même quel que soit le pays.
Mais dans ce cas, pourquoi prendre des taux de létalité si différents pour l'Arabie Saoudite et la Biélorussie (et la Russie dans une moindre mesure) ?

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Message par Topsy Turvy le Sam 23 Mai 2020 - 14:03

Avec les Rt, il s'agit de l'évolution des décès, pas de la propagation des cas comme le R0.

Il semble que l'évolution des décès augmente en effet moins vite en Suède cette semaine.

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Tmpsud10

En Suisse, il devient difficile de diminuer plus, ce qui explique peut-être le Rt proche de 1.

f(x)= .... Coronavirus Covid-19 - Page 9 Tmpchd12
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Message par zebu40 le Sam 23 Mai 2020 - 14:23

hello, 
Il y a des études sur les "solides" face au Covid-19, comparé à leurs résistances face aux rhumes (rhinovirus+ quelques autres coronavirus) ?

J'ai, dans mon négativisme ambiant (qui ne me lâche pas), tendance à croire que les enrhumés réguliers y passeront dans tous les cas. Mais je n'ai aucun cas le background pour dire que j'ai "globalement" raison, ou que j'ai tort.

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Message par Loxosceles le Sam 23 Mai 2020 - 14:30

Je ne suis pas non plus très fervent de l'Imperial College, mais Fift a dit l'essentiel.

Pour ce qui est des articles ci dessus portant sur la baisse de la contagiosité, je ne comprends pas très bien en quoi il faudrait les percevoir comme dangereux. Est-ce qu'il faut vraiment considérer que les gens sont tous des andouilles qui vont sortir en slip et se tousser à la gueule parce qu'ils ont lu ça ? Tout le monde a des masques dans les transports ici, et les gens font attention aux distances de sécurité. Je trouve les gens très mesurés, et assez bien informés, autour de moi les gens ont un bon panel d'infos différentes (qu'ils se sont rarement contentés de trouver dans les médias mainstream), et honnêtement je trouve ça très bien, c'est même une agréable surprise même si ce n'est bien sûr pas le cas de tout le monde.

Sur l'observation en elle-même, elle expliquerait très bien pourquoi la plupart des dites pandémies (et même la plupart des épidémies de maladies contagieuses en général) s'arrêtent bien avant les immunités collectives avancées par des équations qui ne sont que des modélisations dont la validité m'apparaît franchement hypothétique à mesure que j'observe les choses avancer. Dans la plupart des cas d'épidémies virales que j'ai pu observer dans des articles et études, tout s'arrête autour de 20-30% de contaminations grand maximum, alors qu'on avance des valeurs de 50-80% pour l'immunité collective... En gros : il manque des inconnues dans nos équations.

Pourquoi certaines personnes sont épargnées dans certaines familles ou autres groupes confinés ou travaillant ensemble ? Pourquoi certains médecins ou personnels soignants sont épargnés alors qu'ils portent exactement le même matériel que les autres ? Pur hasard ? Vous y croyez, vous ?

Lorsqu'on regarde le cas du diamond princess, on trouve que le nombre de contaminés est supérieur à l'immunité collective, ou "immunité de horde", ce qui montre déjà bien les limites de la chose. Je vois mal comment des gens confinés entre eux dans un espace réduit pourraient éviter la contamination sous prétexte que des équations donnent des indications inverses. Dans ces cas là, les contaminations devraient tendre vers 100% et c'est d'ailleurs ce qu'on observe. Pourtant, on n'arrive jamais à 100%.

Le cas des choristes hollandais est intéressant aussi :

https://www.diapasonmag.fr/a-la-une/concert-tragique-a-amsterdam-4-morts-30195

102 contaminés sur 130, soit plus que les 60-70% estimés pour l'immunité de groupe. Ces personnes ont sûrement fréquenté les mêmes vestiaires, le(s) même bus, travaillé et répété ensemble, et tout ne s'est sûrement pas passé dans le laps de temps du concert lui-même. La contagion est importante, mais jamais de 100%, même avec des gens qui vivent ensemble pendant longtemps.

Qu'est-ce qui explique qu'une personne en contact quotidien avec de nombreux malades n'est jamais contaminée alors que les autres oui, alors qu'ils vivent tous dans les mêmes conditions ? Le hasard a bon dos... Tout le monde est différent, il y a forcément des gens qui ont des spécificités, une immunité différente ou plus performante, ou encore telle particularité physiologique qui l'immunise à certaines maladies, et on ne sait pas quelle proportion de personnes cela représente, mais cela existe. Voilà certainement une des inconnues dans l'équation.

Donc qu'est-ce qui est raisonnable ? Dire "au-secours" devant ce type d'idée, ou considérer la possibilité de la chose avec recul et sérénité ?

Je ne crois pas que la peur soit une protection en soi. Je crois à la raison, aux attitudes adaptées, et à notre capacité à nous éduquer mutuellement par la raison. Et des fois je confesse me sentir un peu seul dans cette croyance.
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Message par Topsy Turvy le Sam 23 Mai 2020 - 14:47

[...]
L'expression « herd immunity » (ou immunité de troupeau) apparait en 1923 lors d'une publication portant sur des épidémies reproduites sur des souris de laboratoire. Les auteurs ne distinguent pas clairement entre la protection directe (l'immunité des individus vaccinés) et la protection indirecte des individus non vaccinés.

Par la suite, « l'effet troupeau » ou immunité de groupe désignera plus particulièrement la protection indirecte des individus non-immunisés par la présence et la proximité des individus immunisés. C'est la métaphore du troupeau qui, pour se défendre des prédateurs, place les individus les plus faibles au centre entouré des individus les plus forts.

Dans les années 1970, notamment à l'occasion de la campagne mondiale d'éradication de la variole, des travaux théoriques sont réalisés sur l'existence d'un effet-seuil de l'immunité de groupe. Par exemple, sur le taux de couverture vaccinale nécessaire pour arrêter ou interrompre une épidémie. Ces premiers travaux de modélisation supposent que l'immunité est une propriété simple, binaire (protégé/vulnérable), stable et permanente (à la fois contre l'infection inapparente, et contre la maladie manifeste).

À partir des années 1980, il s'avère que ces modèles simples sont trop imprécis, voire inexacts, et qu'il faut tenir compte de nombreuses subtilités et autres facteurs, telles que la durée de l'immunité, ses différentes formes (protection contre la transmission, l'infection, la maladie ou les complications de la maladie), de même pour la dynamique des populations (hétérogénéité, déplacements, existence de sous-groupes particuliers...).
[...]
https://fr.wikipedia.org/wiki/Immunité_grégaire
[...]
L'immunité de groupe offre deux aspects intéressants. Le premier est la défense des plus vulnérables. Il y a des personnes dans la population qui, pour diverses raisons, ont un système immunitaire faible ou ne peuvent pas être vaccinées: elles sont donc plus vulnérables que d'autres aux agents pathogènes. Les bébés sont également plus vulnérables car leur système immunitaire doit encore se développer, alors que les vaccinations complètes qui offrent le meilleur degré de protection ne seront achevées que vers l’âge de 2 ans. Cependant, lorsqu'ils sont entourés de personnes vaccinées, les bébés et les personnes dont le système immunitaire est affaibli peuvent être protégés grâce à la vaccination des autres personnes. En d'autres termes, nous offrons le ticket de bus gratuit à ceux qui ne peuvent pas le payer.

Le deuxième avantage est l'éradication des maladies infectieuses. Si la couverture vaccinale atteint 95%, le virus ou la bactérie disparaît parce qu'il ne peut plus se propager. Un exemple concret: la couverture vaccinale contre la rougeole (deux doses de vaccin) chez les adultes en Suisse était de 77% en 2012. Comme il y avait trop de "non-payeurs" dans le système de transport public, les avantages de la couverture vaccinale ne pouvaient pas être étendus à tout le monde. C'est pourquoi les adultes et les enfants (qui n'ont pas encore été vaccinés contre la rougeole) tombent encore malades et la maladie continue de se propager. Il ne faut pas oublier que la rougeole est toujours la cause de nombreux décès dans le monde. Si, avant l'introduction du vaccin contre la rougeole, près de 90 millions de personnes décédaient des suites de cette maladie, la vaccination a permis de réduire ce nombre à 2,6 millions par an en 1963. La couverture vaccinale et l'immunité de groupe ont été décisives pour cette forte baisse. Aujourd'hui, la rougeole est relativement rare ou a même disparu dans certains pays, comme la Finlande, la Slovénie ou la Hongrie, qui mènent des campagnes de vaccination nationales et ont dépassé 95% de couverture vaccinale dans la population.
[...]
https://www.infovac.ch/fr/faq/immunite-de-groupe
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Message par Topsy Turvy le Sam 23 Mai 2020 - 15:07

Je complète avec un article récent sur l'immunité de groupe dans le cas de covid-19 :

Herd Immunity: Understanding COVID-19
Haley E. Randolph1 and Luis B. Barreiro
Immunity 52, May 19, 2020
https://doi.org/10.1016/j.immuni.2020.04.012
Traduction rapide de la fin de l'article :
Il existe deux approches possibles pour construire une immunité généralisée contre le SRAS-CoV-2: (1) une campagne de vaccination de masse, qui nécessite la mise au point d'un vaccin efficace et sûr, ou (2) une immunisation naturelle des populations mondiales avec le virus au cours du temps. Cependant, les conséquences de ce dernier sont graves et d'une grande portée - une grande partie de la population humaine devrait être infectée par le virus, et des millions de personnes y succomberaient. Ainsi, en l'absence d'un programme de vaccination, l'établissement de l'immunité collective ne devrait pas être l'objectif ultime. Au lieu de cela, un accent devrait être mis sur les politiques qui protègent les groupes les plus vulnérables dans l'espoir que l'immunité collective sera finalement réalisée en tant que sous-produit de telles mesures, mais pas l'objectif principal lui-même.
Les illustrations de l'article :

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Message par Yop le Sam 23 Mai 2020 - 17:20

fift a écrit:C'est là où je ne comprends pas les chiffres de l'IC et que je trouve que ça ne colle pas, mais alors pas du tout aux observations :
- l'Espagne avec un taux de propagation équivalent à l'Allemagne (bon, ça, encore, on pourrait estimer qu'aujourd'hui, avec les mesures appliquées, ça pourrait être le cas, pourquoi pas).
- UK avec un taux de propagation inférieur à celui de la Suisse !!! Alors que c'est un des derniers pays ouest-européens où l'épidémie est en progression
Le taux de reproduction, c'est le nombre de personnes infectées par un seul malade au cours de sa maladie.
S'il y a 10 000 nouveaux cas au UK le 17/05, avec un Rt de 0,84 ces personnes vont en infecter 8 400 de plus dans les jours suivants.
S'il y a 100 nouveaux cas en Suisse le 17/05, avec un Rt de 0,90 ces personnes vont en infecter 90 de plus dans les jours suivants.
Les mesures prophylactiques du Royaume-Uni peuvent être plus efficaces que celles de la Suisse, ça n'empêchera pas les premiers de continuer à prendre cher pendant encore un bon moment, alors qu'en Suisse la vie est plutôt belle.

- France et Italie quasiment à 1, alors que l'épidémie a connu un arrêt drastique en termes de propagation.
Il s'agit d'estimations en date du 17/05 : la France, l'Italie et beaucoup d'autres ont commencé à déconfiner. En gros, le confinement strict a permis de baisser le Rt aux environs de 0,7 pendant sept ou huit semaines ; avec le déconfinement le Rt remonte, toute la question est de savoir dans quelle mesure les masques enfin disponibles, le télétravail, la distanciation physique etc compensent cette augmentation.

- la Suède avec un R inférieur à 1, alors que le nombre de décès journaliers ne cesse de croître
Je n'ai pas suivi l'actualité en Suède. S'ils durcissent depuis peu leurs mesures prophylactiques, ils peuvent avoir un Rt qui passe en-dessous de 1 tout en ayant un nombre de décès qui augmente parce que le Rt était supérieur à 1 il y a trois semaines.

Pour le calcul des cas estimés, comment est-ce qu'ils procèdent ? Pour moi, ils commençaient par estimer un taux de létalité, basé sur d'autres études de cas, puis ils en déduisent un nombre de cas réels estimés en considérant que le taux de létalité est le même quel que soit le pays.
C'est ce qu'il semble, oui. Au passage, ça signifierait que si un pays voit son système de santé exploser sous l'afflux des malades, le nombres de cas estimés devient sur-estimé, parce que la létalité augmente si les malades ne peuvent plus être pris en charge correctement. A moins que l'IC n'ait une formule magique pour évaluer et intégrer l'augmentation de la létalité dans son modèle de calcul.

Mais dans ce cas, pourquoi prendre des taux de létalité si différents pour l'Arabie Saoudite et la Biélorussie (et la Russie dans une moindre mesure) ?
Mon interprétation est qu'ils utilisent la létalité (supposée constante) et le ratio décès/cas confirmés pour calculer le ratio cas connus/cas réels. Ce qui devrait donner les résultats suivants : Arabie Saoudite 230 %, Biélorussie 230 %, Russie 125 %. Ce qui pose un problème, parce que le nombre de cas connus peut difficilement être supérieur aux cas réels (ok, avec des faux positifs tout est possible, mais quand même...).
Donc leur logiciel plafonne le ratio cas connus/cas réels à 100 % pour ne pas avoir l'air (trop) absurde, et pas pour des raisons diplomatiques comme je l'avais sournoisement insinué, et du coup quand on fait le calcul à l'envers (produits des ratios -> létalité) ça donne n'importe quoi. Ca suggère que ces trois pays ne comptent pas (intentionnellement ou non) tous les décès dus au covid-19, puisque leur ratio décès/cas connus est inférieur à 0,0138. Ils ne sont pas forcément les seuls à le faire, disons que pour ces trois-là c'est assez criant.

Edit : maaaais... dans un pays à faible moyenne d'âge, et/ou avec une population sans surcharge pondérale, il se pourrait que la létalité soit inférieure à 1,38 %... en fait tout est possible, on vit une époque formidable...

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Message par Topsy Turvy le Sam 23 Mai 2020 - 17:45

Je dirais plutôt que quand on est en rase-motte, on est alors considéré tourner à un R proche de 1. Les mesures prophylactiques en Suisse ont été diablement efficaces :

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J'ajoute une chose : un R local à 1, c'est le rêve, pour que le virus circule et donc immunise les gens sans que les systèmes de santé ne risquent d'être débordés. Sauf si on imagine une disparition du virus par miracle ou par des R au plancher partout, ce qui relève dans les deux cas de l'utopie, selon moi.
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