Virus [Bio, biotech,…] (immunité, vaccins, coronavirus, covid-19, etc.)

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Message par Pabanal le Mer 25 Mar 2020 - 10:47

Est ce que c'est le lieu pour proposer des mesures de protections individuelles ?

je n'ai pas lu qu'il serait conseillé de se raser la barbe alors que c'est la mode. Comme on est averti qu'il vaut mieux éviter de se toucher le visage et qu'il y a beaucoup de gestes automatiques qui peuvent apporter l'infection vers le nez et la bouche, est - ce qu'il est souhaitable de se raser barbe et moustache ? Déjà il semble que c'est recommandé pour le port des masques.


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Message par Topsy Turvy le Mer 25 Mar 2020 - 11:11

Les gens lambda n'ont pas besoin d'un masque étanche, donc c'est égal.
Après, chacun voit ce qui est mieux pour ne pas trop se tripoter le visage.
Par exemple les cheveux attachés, ou un bidule à triturer dans les mains
(je les entend rigoler, au fond de la salle, non, je ne pensais pas à ça, vilains).
En extérieur, si on a des gants, ça fait bizarre quand on touche la joue avec.

BBC propose une vidéo sympa sur les raisons qu'on a de se toucher le visage :
https://www.youtube.com/watch?v=doqS8Y0ZuUQ
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Message par Pabanal le Mer 25 Mar 2020 - 11:16

Bah trop tard je me suis déjà rasé ce matin. J'avais vu il y a quelques jours une vidéo ou bien une émission dans laquelle les gestes étaient expliqués.
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Message par Topsy Turvy le Mer 25 Mar 2020 - 18:14

Les supercalculateurs du monde mobilisés contre COVID-19
Les tech ont subi de lourdes pertes suite à la pandémie de coronavirus. Les chaînes d'approvisionnement mondiales ont été perturbées, pratiquement toutes les grandes conférences techniques des prochains mois ont été annulées, et les installations de superordinateurs ont même commencé à restreindre de manière préventive l'accès des visiteurs. Mais la technologie est de retour et en forme: chaque jour, de plus en plus d'organisations consacrent une puissance de calcul intensif aux efforts de diagnostic, de compréhension et de lutte contre COVID-19.

La première étape était le diagnostic

Avant que les superordinateurs ne commencent à tourner pour trouver un remède, les chercheurs se sont efforcés de diagnostiquer la maladie alors que les cas dans la province chinoise du Hubei devenaient incontrôlables. Avec des kits de test disponibles limités, les chercheurs chinois se sont tournés vers l'IA et le calcul intensif pour obtenir des réponses. Ils ont formé un modèle d'IA sur le premier supercalculateur pétascale de Chine, Tianhe-1, dans le but de distinguer les tomodensitogrammes des patients atteints de pneumonie avec COVID-19 et des patients atteints de pneumonie non-COVID-19. Dans un article, les chercheurs ont rapporté une précision de près de 80% lors du test de cette méthode par rapport à des ensembles de données externes, surpassant considérablement les premiers kits de test ainsi que les radiologues humains.

Le supercalculateur Summit
L’artillerie lourde a été rapidement engagée

L'un des premiers systèmes à se joindre à la lutte a été le superordinateur le plus puissant au monde des classement publics: Summit. Le laboratoire national d'Oak Ridge (ORNL) a confronté les 148 pétaflops Linpack de Summit à une protéine cruciale de «pointe» sur le coronavirus qui, selon les chercheurs, pourrait être essentielle pour désactiver sa capacité à infecter. Tester la façon dont divers composés interagissent avec les composants viraux clés peut être une tâche extrêmement longue, de sorte que les chercheurs - une équipe du Center for Molecular Biophysics de l'ORNL - ont obtenu une allocation de temps discrétionnaire sur Summit, ce qui leur a permis de parcourir 8 000 composés en quelques jours.

En utilisant Summit, l’équipe de recherche a identifié 77 composés qui pourraient être des candidats prometteurs pour des tests par des chercheurs médicaux. «Summit était nécessaire pour obtenir rapidement les résultats de simulation dont nous avions besoin. Cela nous a pris un jour ou deux alors qu'il aurait fallu des mois sur un ordinateur normal », a déclaré Jeremy Smith, directeur de l'UT / ORNL CMB et chercheur principal de l'étude. Les chercheurs se préparent à répéter l'étude en utilisant un nouveau modèle de meilleure qualité de la protéine de pointe récemment mis à disposition.
[...]
Par Oliver Peckham, 12 mars 2020
https://www.hpcwire.com/2020/03/12/global-supercomputing-is-mobilizing-against-covid-19/
Summit employs 220,800 CPU cores, 188,416,000 CUDA cores, 9.2PB of memory, and 250PB of mixed NVRAM/storage for the task.
(t.me/COVID19Up)

Summit, de Oak Ridge National Laboratory en partenariat avec IBM et NVidia

Les mensurations de la bête :


Les entrailles de la bête :


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Message par Topsy Turvy le Mer 25 Mar 2020 - 20:54

De nouveaux tests sanguins visant les anticorps pourraient montrer l'ampleur réelle de la pandémie de coronavirus
Combien de cas COVID-19 n'ont pas été détectés? Et ceux qui ont eu des cas bénins de la maladie - peut-être si doux qu'ils l'ont rejeté comme un rhume ou des allergies - sont-ils immunisés contre de nouvelles infections? Si tel est le cas, ils pourraient ralentir la propagation de la pandémie naissante.

Répondre à ces questions est crucial pour gérer la pandémie et prévoir son évolution. Mais les réponses ne proviendront pas des tests de diagnostic basés sur l'ARN actuellement donnés par des dizaines de milliers. Ils recherchent la présence de gènes viraux dans un écouvillonnage du nez ou de la gorge, signe d'une infection active. Mais les scientifiques doivent également tester le sang d'une personne pour détecter la présence d'anticorps contre le nouveau virus, connu sous le nom de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). Ces tests peuvent également détecter des infections actives, mais plus important encore, ils peuvent dire si une personne a été infectée dans le passé parce que le corps conserve des anticorps contre les agents pathogènes qu'il a déjà surmontés.

Des laboratoires et des entreprises du monde entier se sont précipités pour développer des tests d'anticorps, et quelques-uns ont été utilisés dans de petites études et ont reçu une approbation commerciale, dont plusieurs en provenance de Chine. Mais jusqu'à présent, les données à grande échelle de ces tests - montrant par exemple quelle fraction de la population de Wuhan, en Chine, qui pourrait être immunisée - sont toujours manquantes ou du moins non publiques. Les scientifiques espèrent que cela changera bientôt à mesure que de nouveaux tests seront disponibles.

Une nouvelle recette pourrait offrir aux laboratoires une alternative à l'attente ou à l'achat de tests commerciaux. Florian Krammer, virologue à l'École de médecine Icahn du Mont Sinaï, et ses collègues ont publié hier une préimpression décrivant un test d'anticorps SARS-CoV-2 qu'ils ont développé et des instructions pour le reproduire. C'est l'un des premiers protocoles détaillés de ce type à être largement diffusé, et la procédure est assez simple, dit-il, que d'autres laboratoires pourraient facilement le faire évoluer «pour dépister quelques milliers de personnes par jour» et amasser rapidement plus de données sur la précision et spécificité du test. Avec une disponibilité accrue des tests commerciaux, cela signifie que certaines réponses importantes sur l'immunité au COVID-19, la maladie causée par le nouveau coronavirus, pourraient être disponibles bientôt, dit-il.

Pour créer le test, les chercheurs ont commencé par concevoir une version légèrement modifiée de la protéine «spike» sur le manteau extérieur du SARS-CoV-2. (Les altérations ont rendu la protéine plus stable pour une utilisation en laboratoire.) Cette protéine aide le virus à pénétrer dans les cellules, et c'est une cible clé dans la réaction immunitaire contre le virus, car le corps produit des anticorps qui reconnaissent la protéine et marquent la virus pour destruction. Ils ont également isolé le petit morceau de la protéine de pointe appelé le domaine de liaison aux récepteurs (RBD), que le virus utilise pour se fixer aux cellules qu'il tente d'envahir. Ils ont ensuite utilisé des lignées cellulaires pour produire de grandes quantités de protéines de pointe altérées et de RBD.

Ces molécules fabriquées en laboratoire ont fourni la base d'un test ELISA, dans lequel les anticorps dans un échantillon de sang ou de plasma déclenchent un changement de couleur lorsqu'ils reconnaissent une protéine cible - ici un RBD ou la protéine de pointe.
[...]
By Gretchen VogelMar. 19, 2020
https://www.sciencemag.org/news/2020/03/new-blood-tests-antibodies-could-show-true-scale-coronavirus-pandemic

Les tests existent, ils sont en procédure de mise sur le marché. Mais ils seront d'abord déployés auprès des professionnels de la santé, compte tenu de la position particulière de ceux-ci dans l'épidémie.


Le principe du test ELISA est le suivant :

(M - En sous-titré fr) Technique ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay)

Résumé
Cette courte animation montre le dosage immuno-enzymatique (ELISA) pour mesurer des anticorps spécifiques. Cette ressource a été développée par Cary Engleberg de l'Université du Michigan. Il fait partie d'un module d'apprentissage plus large sur les méthodes de laboratoire pour la microbiologie clinique.


Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) - Multi-Lingual Captions [1'48]
(openmichigan)
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Message par Pabanal le Lun 30 Mar 2020 - 14:52

Cette pandémie, vue depuis 2021

Par DirtyBiology
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Message par Topsy Turvy le Lun 30 Mar 2020 - 16:38

Une page RTS d'hier soir, au sujet des tests sur le point d'être mis en place dans les CHU en Suisse romande pour détecter l'immunité acquise à SARS-CoV-2. Le texte et la première vidéo de deux minutes, avec un chercheur en labo, sont relativement instructifs. (Mais sans détailler le principe du test ELISA comme je l'ai fait au message précédent).
https://www.rts.ch/info/suisse/11205411-des-tests-d-immunite-seront-realises-dans-plusieurs-hopitaux-universitaires.html
Je pense qu'il s'agit encore d'une mise au point du test. Quand on veut le mettre sur le marché, on n'a pas trop droit à l'erreur, ni en faux positifs, ni en faux négatifs. Mais vous connaissez la problématique, déjà rencontrée avec le test de dépistage de SARS-CoV-2, d'autres tests sérologiques, etc.
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Message par Topsy Turvy le Mar 31 Mar 2020 - 14:18

Je copie ce message de f(x) (merci encore 404), qui propose une super vidéo de modélisation d'épidémie qui complète de manière très riche Exponential growth and epidemics de la même chaîne.
404 a écrit:
Simuler une épidémie
27 mars 2020

Cette vidéo propose des simulations d'épidémie commentées de manière très intéressante. Il s'agit du travail d'un mathématicien (bien teinté d'informatique) formé à Stanford, qui vit de sa passion pour les math au travers de travaux de ce genre.

Comme ce fil est orienté bio-biotech, je propose une devinette liée à la thématique du fil.
Le premier qui trouve ce qui me fait tiquer dans cette vidéo gagne un "bravo" de ma part.
J'attends vos propositions.
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Message par tim9.5 le Mar 31 Mar 2020 - 19:24

Je me lance. Le nombre de cas "mules" (qui transportent le virus sans être infectés, par exemple sans mettre ses mains au visage) n'est pas compté. Ils peuvent être "mules" plusieurs fois de suite, par intermittence.
On y trouve le nombre pi dans le domaine de lépistémiologie, ce qui est une hérésie mathématique.
Il a parlé d'antibiotiques (j'essaie d'induire des faux souvenirs).
Bref, je ne vois pas. Pas bravo :snif
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Message par Topsy Turvy le Mar 31 Mar 2020 - 19:35

Merci d'avoir joué ! Déjà bravo d'avoir essayé !
Tu peux encore gagner, il a utilise quoi pour représenter une menace de pandémie ?
Je sais que tu connais la réponse, tim9.5, on en a parlé au début de f(x).
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Message par horizon artificiel le Mer 1 Avr 2020 - 5:58

Donc les tests ELISA sont bien destinés à détecter la présence des anticorps spécifiques au covid 19 et le taux se mesure par colorimétrie
Merci c'est ce que je voulais savoir

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Message par tim9.5 le Mer 1 Avr 2020 - 14:44

J'ai consulté en gros f(x) mais il y a trop d'infos.
La pandémie est représentée par 12 carrés plus ou moins étanches (avec 20% de fuites). ça s'arrête là pour moi Wink

Le modèle interactif https://meltingasphalt.com/interactive/outbreak/ qui a permis cette vidéo, est bien plus complète en terme de variables, mais ne possèdent pas des carrés pour représenter la pandémie.


Dernière édition par tim9.5 le Mer 1 Avr 2020 - 14:53, édité 1 fois
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Message par Topsy Turvy le Mer 1 Avr 2020 - 14:49

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Kézako ?
:rigole:
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Message par tim9.5 le Mer 1 Avr 2020 - 14:56

L'image que tu proposes est invisible...
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Message par Topsy Turvy le Mer 1 Avr 2020 - 14:59

Flûte. C'est à partir de 21'55, si jamais.
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Message par tim9.5 le Mer 1 Avr 2020 - 18:41

Rôo j'ai cherché partout dans la vidéo sauf dans ce coin de tapis !
Ce qui m'avait un peu perturbé au premier visionnement, c'est que c'est l'image d'un virus bactériophage. Le mode reproductif ne m'avait pas fait tiquer. (Je lisais plutôt la traduction). Bien vu !
ça soulève aussi la question de la rapidité de reproduction du corona, qui doit quand même se fourrer dans les poumons pour se copier. Certaines bactéries mettent 20 minutes à se dupliquer. Quel est le temps de reproduction d'un virus, et pour combien de copies (des millions à partir d'un seul?).
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Message par Topsy Turvy le Mer 1 Avr 2020 - 19:59

Sorry pour le casse-tête.
Donc encore plus bravo !
Et merci d'avoir joué.

En fait, ce qui me perturbe pas mal, c'est de présenter des bactériophages avec en commentaire :

J'écris ceci pendant une pandémie [...] Mais, beaucoup de gens regarderons ça pendant "une pandémie qui ne sera pas", à une époque où un nouveau pathogène, qui aurait pu se propager frénétiquement s'il n'avait pas été maitrisé, fut au contraire rapidement détecté et contenu.

Et là, pfuit, les bactériophages disparaissent les uns après les autres après s'être (mystérieusement) beaucoup beaucoup multipliés.

Or...

Nous, les humains, a priori, on les aime bien, les bactériophages
(qui accessoirement, utilisent les bactéries pour se multiplier).

Les bactériophages, ou phages (grec, phageton signifie nourriture/consommation), plus rarement virus bactériens, sont des virus n'infectant que des bactéries. Ils sont omniprésents dans l'ensemble de la biosphère. On les trouve partout, d'autant plus que le milieu est riche en bactéries, notamment en quantité importante dans les excréments, le sol et les eaux d'égout. Le support de l'information génétique (génome) des bactériophages peut être un ADN ou un ARN. De par leurs capsides, les phages sont qualifiés de virus complexes.
[…]
Agent antibactérien
Principalement utilisés dans l'agroalimentaire puis en médecine vétérinaire, les phages sont aussi étudiés en médecine comme alternative à la résistance aux antibiotiques. En Hollande est également commercialisé un cocktail de phages pour lutter contre les contaminations de Listeria dans les produits alimentaires.
[…]
https://fr.wikipedia.org/wiki/Bactériophage


Pour la durée du cycle de réplication virale, j'ai dû chercher.
Spoiler: je n'ai pas de réponse très satisfaisante à donner.
Ça prend du temps être copié, mais c'est en multi-copies.

Je trouve par exemple cette page (avec quelques extraits ci-dessous):
http://www.microbes-edu.org/etudiant/multivirale.html
La multiplication virale est un phénomène complexe au cours duquel le virus va détourner la machinerie cellulaire à son profit. En effet, du fait de leur simplicité extrême, les virus ne peuvent pas se multiplier, du moins se multiplier par eux-mêmes. Connaître et bien comprendre les différentes étapes du cycle de multiplication virale est un objectif majeur pour le développement de molécules antivirales. Certaines étapes sont spécifiques du virus et constitue une cible idéale pour une molécule antivirale.

La multiplication d'un virus consiste en l'introduction du génome viral dans une cellule et c'est elle qui va fabriquer de nouveaux virus selon un procédé de biosynthèse que l'on appelle réplication.

Le temps du cycle viral peut varier d’un virus à l’autre en fonction de la taille du génome et de la complexité du cycle viral (4 à 8 heures pour le poliovirus, plus de 40 heures pour les Herpesviridae).
[Problème : un cycle ne permet pas la fabrication que d'un virus, mais d'une mégafloppée.]
Le génome des virus à ARN peut prendre différentes configurations : segmenté ou non, bicaténaire ou monocaténaire, de polarité positive ou négative.

Suivant les virus, l'élaboration des messagers viraux ou transcription est une opération plus ou moins complexe. Pour les virus à ARN de polarité positive tels que les poliovirus, tout est simple : le génome est un ARN qui sert tel quel de messager; il est immédiatement traduit par les ribosomes cellulaires en protéines de capside (et enzymes viro-induites). Pour les poliovirus, il n'y a pas de transcription. Par contre pour les virus à ARN de polarité négative tels que les orthomyxovirus ou les rhabdovirus, il faut passer par un ARN messager de polarité positive. Cette étape de transcription sera réalisée par une enzyme virale.

De même, la réplication du génome des virus à ARN nécessite l’apport d’enzymes spécifiques : ARN polymérase-ARN dépendante virale qui n’existe pas dans la machinerie cellulaire.
En effet dans la cellule normale, une telle opération et une telle enzyme n'ont pas de raison d'être et n'existent pas : les RNA cellulaires, qu'il s'agisse des RNA messagers, ribosomiques ou de transfert, sont synthétisés par des RNA polymérases DNA-dépendantes, travaillant sur une matrice de DNA, le génome cellulaire. Donc, pour se multiplier dans une cellule, un poliovirus et d’une façon générale tous les virus à RNA doit faire fabriquer à la cellule infectée une RNA réplicase, enzyme nouvelle, viro-induite, absente de la cellule normale, inutile au fonctionnement normal de la cellule, mais nécessaire à la multiplication virale. La transcriptase inverse (TI) ou rétrotranscriptase (RT) des rétrovirus est également une enzyme viro-induite.
SARS-CoV-2 est de cette première catégorie:
A. Virus à ARN simple brin de polarité positive :
Le génome de polarité positive est traduit directement en une grande polyprotéine qui est ensuite clivée pour donner naissance à trois protéines P1, P2 et P3. La maturation de ces protéines virales fait intervenir plusieurs clivages en cascade. La région P1 contient l’information génétique codant pour les protéines de capside. Les régions P2 et P3 codent pour des protéines non structurales dont l’ARN polymérase-ARN dépendante ou réplicase. La réplicase va synthétiser un brin (-) pour aboutir à la forme réplicative constituée d’un brin (-) et d’un brin (+) appariés en double hélice. Le brin (-) va servir à la synthèse de nouveaux brins (+) toujours grâce à la réplicase dans un complexe appelé « intermédiaire de réplication ». Ces nouveaux brins (+) vont être encapsidés afin de former de nouveaux virions.
Et, finalement:
[Les] nouveaux virus sortent de la cellule par éclatement pour les virus nus, par bourgeonnement pour les virus enveloppés. C'est lors du bourgeonnement que les virus à enveloppe constituent leur enveloppe qui est une bicouche lipidique cellulaire hérissée de spicules glycoprotéiques. Certains virus comme les Herpesvirus s’entourent d’une enveloppe provenant de la membrane nucléaire de la cellule infectée, d’autres comme les rétrovirus s’entourent d’une enveloppe provenant de la membrane cytoplasmique de la cellule. Une cellule produit de l’ordre de 100 à 1000 virus.


Au passage, dans les virus à ARN simple brin à polarité positive, il y en a quelque-uns qu'on n'aime pas.
Famille des Coronaviridae, dont les Coronavirus et notamment le SARS-CoV et SARS-CoV-2
Famille des Caliciviridae, dont le virus de Norwalk
Famille des Flaviviridae, dont le virus de la fièvre jaune, le virus du Nil occidental, virus de l'hépatite C et le virus de la dengue
Famille des Picornaviridae, dont les poliovirus, les rhinovirus, le virus de l'hépatite A
Famille des Togaviridae, dont le virus de la rubéole, le virus de la Ross River, le virus de Sindbis et le virus du Chikungunya
Famille des Virgaviridae, dont le genre Tobamovirus, dont le virus de la mosaïque du tabac
Genres incertae sedis, dont le genre Hepevirus, dont le virus de l’hépatite E
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Message par Pabanal le Sam 4 Avr 2020 - 14:54

Qui a entendu parler de l'Apivirine médicament utilisé contre le HIV pour soigner le Coronavirus Covid 19 ?


L'Apivirine, du dr béninois Valentin Agon, un médicament utilisé avec succès contre le Coronavirus

L'échantillon de malades traités est peu nombreux, je n'ai par ailleurs lu de taux d'échec, mais est ce que l'information est prise en compte et critiquée internationalement ?
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Message par Pabanal le Sam 4 Avr 2020 - 18:54

Rien n'est simple, tout se complique.



J'ai toujours l'impression de poster là où il ne faut pas... Il suffit de dire et je supprime.
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Message par Sélène-Nyx le Sam 4 Avr 2020 - 21:40


Qqu'un est-il au courant d'un "feu vert" (un de plus, en ce moment) de la FDA (Food and Drug Administration), concernant la Mise sur le Marché d'un nouveau traitement contre le Corona, qui consisterait à inoculer du sang "sain: plein d'anticorps) aux patients atteints du Covid 19??? Une "fake" de plus?
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Message par Topsy Turvy le Sam 4 Avr 2020 - 21:58

Pas un fake, mais pas de patients, de convalescents.
Ça se fait un peu partout, ça se faisait déjà en Chine
On n'a pas besoin de tout le sang, on prend le plasma.

Et ce n'est pas une mise sur le marché de traitement.
La FDA lance un essai clinique pour vérifier l'efficacité.
https://www.fda.gov/vaccines-blood-biologics/investigational-new-drug-ind-or-device-exemption-ide-process-cber/investigational-covid-19-convalescent-plasma-emergency-inds
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Message par Topsy Turvy le Sam 4 Avr 2020 - 22:06

Un article de hier qui parle des traitements à l'essai aux US.
Several agents are being used under clinical trial and compassionate use protocols based on in vitro activity (against SARS-CoV-2 or related viruses) and on limited clinical experience
https://www.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0007/988648/COVID-19-Drug-Therapy_Mar-2020.pdf

Pour la question "Apivirine", il existe bien un "Dapivirine" (pas apivirine), qui est utilisé comme antiviral ciblant le VIH par le biais d'anneaux vaginaux. Je ne vois aucun rapport avec covid-19, ni recensé, ni logique.
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Message par Sélène-Nyx le Lun 6 Avr 2020 - 12:58

Topsy Turvy a écrit:Pas un fake, mais pas de patients, de convalescents.
Ça se fait un peu partout, ça se faisait déjà en Chine
On n'a pas besoin de tout le sang, on prend le plasma.

Et ce n'est pas une mise sur le marché de traitement.
La FDA lance un essai clinique pour vérifier l'efficacité.
https://www.fda.gov/vaccines-blood-biologics/investigational-new-drug-ind-or-device-exemption-ide-process-cber/investigational-covid-19-convalescent-plasma-emergency-inds

  OK, merci pour ta réponse, Topsy!
  Oui, le plasma, c'est ça..
  Par contre, j'avais bien entendu parler de l'AMM (Autorisation de Mise sur le Marché), une décision de la FDA, sans attendre la fin des essais … ce qui m'avais surprise.
      ( La FDA a bien autorisé un traitement de "thérapie génique" modifiant les lymphocytes T, pour le cancer, et ce, malgré des décès lors de la phase d'essais … Mais je crois que cette décision ne concernait que le marché US.)
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Message par Topsy Turvy le Lun 6 Avr 2020 - 13:21

Ah, ok, bizarre. Il y a en effet des autorisations diverses qui apparaissent ça et là.
Mais, vu la date, je pense que c'était un bug d'interprétation de l'annonce de la FDA.
Par exemple, ce titre d'article pourrait induire en erreur sur l'intention de celle-ci :
"FDA Expedites Treatment Of Seriously Ill COVID-19 Patients With Experimental Plasma".

Je vois pas mal d'erreurs d'interprétation d'articles.
J'en fais moi-même tout plein avec la fatigue.
En général, je m'en rends compte tout de suite après.
C'est parfois super drôle tellement ça fausse le truc...
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Message par 404 le Lun 6 Avr 2020 - 22:13



(si vous connaissez pas sa chaîne, son contenu est excellent)
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Message par Pabanal le Jeu 9 Avr 2020 - 21:19

Arnaud Fontanet - Faut-il craindre les pandémies ? Sur l'agora des savoirs.



Mis en ligne le 04/05/2017

Ebola, Zika, grippe, SRAS… autant de menaces récurrentes relayées par les médias. Connaît-on mieux aujourd’hui l’origine de ces nouveaux virus ? Sont-ils plus nombreux, ou simplement mieux détectés ? Est-on prêt à les combattre ? Que faudrait-il faire pour mieux nous préparer ? Autant de questions qui seront abordées lors de cette conférence qui étudiera les conditions d’émergence des nouveaux virus, leur impact, et les nouveaux outils à notre disposition pour mieux les combattre.



Ancien interne des hôpitaux de Paris, docteur en médecine (université Paris V) et en santé publique (université de Harvard), Arnaud Fontanet est spécialisé en épidémiologie des maladies infectieuses et tropicales. Ses principaux thèmes de recherche sont les hépatites virales et les virus émergents. Arnaud Fontanet est également professeur titulaire de la Chaire Santé et Développement au Conservatoire National des Arts et Métiers (Cnam) et Directeur de l’Ecole Pasteur-Cnam de Santé Publique. Il est depuis juillet 2014 Directeur du nouveau Centre de Santé Globale de l’Institut Pasteur.


Beaucoup de thèmes qui nous préoccupent aujourd'hui sont traités jusqu’à la dernière minute.
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Message par fleurblanche le Dim 12 Avr 2020 - 5:44

Une "crainte" est que l'infection finisse par devenir une endémie, avec des flambées épidémiques de temps en temps.

Et si cela arrivait, l'humanité peut-elle vivre en confinement, autrement dit vivre à moitié, de manière cyclique à chaque fois qu'une nouvelle flambée épidémique aurait lieu ?

Est-ce vers ce genre de futur que l'humanité se dirige ?
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Message par Topsy Turvy le Dim 12 Avr 2020 - 9:13

Si le virus est relativement stable, c'est égal.
Le problème est l'émergence d'un truc inconnu.

On vit déjà avec beaucoup de trucs du genre.
On fait avec, "sans problème" dès que vaccin.
C'est moins top quand le vaccin marche pas/mal.

Les épidémies et pandémies, ce n'est pas "nouveau".
Et on est infiniment mieux équipé à présent qu'avant.
En 1918, on connaissait même pas le virus influenza.

SARS-CoV-2, dès que pris au sérieux, on sait l'essentiel.
Après, si les gens ne veulent pas prendre au sérieux...
Mais la situation actuelle n'avait pas vraiment lieu d'être.

Un joke, en ce moment, selon moi, ce sont les anti-vacc.
Les récentes flambées de rougeole, c'était pas nécessaire.

Je trouve bien si les gens prennent conscience de réalités.
Les épidémies dévastatrices deviennent enfin concrètes.
Ça peut changer la vision du monde des privilégiés, non ?
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Message par Topsy Turvy le Dim 12 Avr 2020 - 9:19

J'ajoute un truc : les virus, c'est, grosso modo, soumis aux mêmes principes d'évolution que ce qui est à l'origine de la biodiversité.

L'émergence de trucs nouveaux, c'est donc aussi un magnifique symbole de "bio"diversité.

Elle est pas belle, la vie ?
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Message par Topsy Turvy le Lun 13 Avr 2020 - 13:52

(M - En stfr) COVID-19 : Que se passe-t-il si vous contractez un coronavirus ? [7'27]

Résumé
Cette animation vidéo sur COVID-19 et le coronavirus est une collaboration entre Nucleus Medical Media et nos amis de What If Channel.


COVID-19 : Que se passe-t-il si vous contractez un coronavirus ? [7'27]
(Nucleus Medical Media)
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Message par Topsy Turvy le Lun 13 Avr 2020 - 14:31

(M - En) Coronavirus COVID-19 vs grippe porcine H1N1 - Quelles comparaisons en tirer ? [11'21]

Résumé
Aujourd'hui, nous comparons deux pandémies modernes, le nouveau Coronavirus, COVID-19 et la grippe porcine H1N1. Lequel des deux virus est le plus mortel? Découvrez dans notre nouvelle vidéo où nous jetons un coup d'œil aux faits scientifiques et essayons de mettre en perspective le nouveau virus qui se propage dans le monde par rapport à une grippe plus récente qui avait paniqué le monde.


Coronavirus COVID-19 vs H1N1 Swine Flu - How Do They Compare? [11'21]
(The Infographics Show)]
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Message par tim9.5 le Mer 15 Avr 2020 - 20:37

Devinettes :

- Si on mettait l'adn de chacune de nos cellules sur un fil, bout à bout, quel en serait la longueur ?
- De même, avec tous les virus de la planète Terre ?
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Message par tim9.5 le Mar 21 Avr 2020 - 18:07

Le fil d’ADN ferait un million de fois le tour de notre planète.
Le fil des virus ferait 2’000 fois le diamètre de la Voie lactée ! On baigne dans un océan de microbes. Et dans les virus, le 80% sont des bactériophages. Ouf!
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Message par siamois93 le Mer 22 Avr 2020 - 13:23

Divers traitements sont apparus :
Macrolide+c3g
Vitamine C en intraveineuse
Ozonothérapie
Argile verte.

Un médecin a indiqué qu'en fait c'est une bactérie intestinale qui cause une partie des problèmes.
MAJ du 23/4 à 19h54 :
Après quelques recherches il s'avère que c'est un enseignant en sciences et pas un médecin.
https://www.agoravox.fr/tribune-libre/article/covid-19-et-si-on-ne-cherchait-pas-222778


Dernière édition par siamois93 le Jeu 23 Avr 2020 - 19:55, édité 1 fois
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Message par 404 le Mer 22 Avr 2020 - 13:30

@siamois : un peu d'utilisation du conditionnel ne ferait pas de mal à ton esprit critique comme à celui de ceux qui te lisent...Le conditionnel ça contribue à éviter ça :
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Message par siamois93 le Mer 22 Avr 2020 - 17:14


404, si tu vérifiais avant de critiguer, ce serait plus pertinent.
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Message par 404 le Mer 22 Avr 2020 - 17:25

siamois93 a écrit:
Un médecin a indiqué qu'en fait c'est une bactérie intestinale qui cause une partie des problèmes.
siamois93 a écrit:
404, si tu vérifiais avant de critiguer, ce serait plus pertinent.

Je sais parfaitement de quoi tu parles. Je maintiens qu'il s'agit d'une affirmation à mettre au conditionnel, et que cette petite critique sur la forme est pertinente. "ce serait une bactérie intestinale". Mais fais bien ce que tu veux.
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Message par Topsy Turvy le Jeu 23 Avr 2020 - 17:46

J'ai déjà parlé du système immunitaire à plusieurs reprises, c'était même l'objet des premières vidéos du fil, là :
https://www.zebrascrossing.net/t39722-virus-bio-biotech-immunite-vaccins-coronavirus-covid-19-etc#1683870

Mais j'en ajoute ici une relativement récente des Amoeba Sisters (dont j'ai aussi déjà proposé quelques vidéos sur ce fil) :

(M - En) Le système immunitaire [8'55]

Résumé
Explorez les bases du système immunitaire avec The Amoeba Sisters! Cette vidéo parle des trois lignes de défense et compare également la réponse à médiation cellulaire à la réponse humorale.

Immune System [8'55]

(Amoeba Sisters)

J'aime bien leurs vidéos, j'invite à visiter leur chaîne :
https://www.youtube.com/channel/UCb2GCoLSBXjmI_Qj1vk-44g
We are two sisters on a mission to demystify science with humor and relevance by creating free videos, GIFs, handouts, resources, and comics. On our channel page, you can scroll down to see some of our featured videos. Underneath the featured videos, you can see our biology playlist which includes all of our life science videos.
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Message par Pabanal le Jeu 23 Avr 2020 - 19:00

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Message par siamois93 le Jeu 23 Avr 2020 - 19:50

@404 : Mon affirmation est juste dans sa forme, car c'est bien vrai qu'un médecin a affirmé cela. Que cela soit vrai ou non est une autre question. 
J'ai cherché un peu et à part les sites qui hurlent immédiatement à la fake news j'ai trouvé ceci :
https://blogs.mediapart.fr/bernard25/blog/210420/covid-19-traitement
Mais aucune source n'est indiquée dans cet article.
Je viens de trouver cela :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5506432/


Mais voici l'article dont j'avais entendu parler :
https://www.agoravox.fr/tribune-libre/article/covid-19-et-si-l-orage-de-223037
Effectivement l'auteur n'est pas médecin, mais enseignant en sciences .

Je vais corriger mon post initial.
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Message par tim9.5 le Jeu 23 Avr 2020 - 20:00

En parallèle aux trois lignes de défense présentées par les sisters dans la vidéo ci-dessus, on peut présenter l'autophagisme de toute cellule.

Dans les années 50, le Belge Christian de Douve découvre le lysosome de la cellule, une sorte de poche digestive flottant dans le cytoplasme.
Un Japonais, Yoshinori Ohsumi, se pencha pendant des années pour poursuivre les travaux à travers des levures. Pas de concurrence pour lui; c'était aussi un champ d'investigation vierge. Il décrivit ainsi le mécanisme de l'autophagie, qui recycle une partie du cytoplasme.
Virus [Bio, biotech,…] (immunité, vaccins, coronavirus, covid-19, etc.) - Page 2 15525340
En particulier, les virus développés dans une cellule y sont aussi recyclés.
Christian et Yoshinori reçurent tous deux le prix Nobel de médecine, l'un en 1974, l'autre en 2016.

Pour aller plus loin : https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/2016/press-release/
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Message par Pabanal le Sam 25 Avr 2020 - 17:56

L'apivirine, le retour.
L' ’Apivirine est un anti-rétroviral et antiviral déjà utilisé depuis quelques temps dans le cadre du traitement du VIH en Afrique de l'Ouest selon Afrikmag.

RFI
20/04/2020

L'Apivirine, un traitement contre le Covid-19 ?



Est-ce sérieux ? Comment ça marche ? Alain Foka s'entretient avec Valentin Agon, chercheur béninois, qui a mis au point l'Apivirine.
L'émission "Le Débat africain" revenait sur le Covid-19 sur le continent. Où en est la recherche scientifique ? Procède-t-on à des tests sur place et que pense-t-on de l'utilisation de la chloroquine ? Que font les États africains pour aider leurs entreprises et leur population à survivre à cette crise sanitaire ?




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Message par Topsy Turvy le Dim 26 Avr 2020 - 20:59

Apivirine, il n'y a aucune étude scientifique dessus, rien, nada.
C'est par contre le nom donné à un site de médoc. africains :
apivirine.com, qui est équivalent à apibenin.org. par exemple.

Là, on y apprend que apivirine c'est : "Efficace sur plus de 10 virus, et effets antibactériens contre 18 bactéries. Inhibe la réplication du VIH/SIDA. Il est aussi efficace contre les kystes d'ovaires, rougeole, infections plus compliquées (IST), ulcères gastroduodénales." (sic)

On apprend aussi que API-BENIN c'est : "Des produits 100% naturels pour votre bien-être".

Je cite, l'image d'origine étant si dégueulasse qu'une copie d'écran serait probablement illisible.

Merci pour les contributions. Par contre, je préférerais que ce fil reste axé sur des explications générales en sciences et technologies liées au biomédical plutôt qu'à la promotions des poudres magiques des uns et des autres.

Je ne prends pas la peine de répondre à Siamois93, par contre je remercie beaucoup 404 pour ses réponses. La première m'a bien fait rigoler en plus, c'est cool.

Merci à vous.

Pour ce qui est de l'autophagie, il s'agit d'un processus de mise en compartiment d'une partie du cytoplasme (celui-ci désignant l'intérieur de la cellule sans les organites), qui va fusionner avec un lysosome (qui contient les enzymes digestives) pour dégrader des éléments dysfonctionnels, des corps étrangers,... Il est en effet question de digérer, c'est à dire fragmenter les molécules, pour les désactiver le cas échéant et, surtout, les rendre expulsables et assimilables. Ça peut aussi être utilisé pour récupérer de l'énergie (mais plutôt en dernier recours). Voir par exemple ce qu'en dit wikipédia : https://fr.wikipedia.org/wiki/Autophagie

Ci-dessous un résumé d'un article actuel (mais pas axé covid-19) qui évoque les rapports de certains virus à l'autophagie de la cellule :
Virus et autophagie
L'autophagie est un processus intracellulaire conservé par l'évolution, par lequel une partie du cytoplasme est enveloppé à l'intérieur d'une vésicule à double membrane et transporté vers les lysosomes pour la dégradation. Au cours des 15 dernières années, les gènes nécessaires à l'exécution de l'autophagie ont été identifiés et le nombre d'outils pour étudier ce processus a augmenté. L'autophagie est essentielle à l'homéostasie et au développement des tissus et une autophagie défectueuse est associée à un certain nombre de maladies. En tant que parasites intracellulaires, au cours d'une infection, les virus rencontrent une autophagie et interagissent avec les protéines qui exécutent ce processus. L'autophagie et / ou les gènes d'autophagie jouent probablement à la fois des rôles antiviraux et proviraux dans les cycles de vie et la pathogenèse de nombreuses familles de virus différentes. En ce qui concerne les rôles antiviraux, les protéines d'autophagie fonctionnent en ciblant les composants viraux ou les virions pour la dégradation lysosomale dans un processus appelé xénophagie, et elles jouent également un rôle dans l'initiation des réponses innées et adaptatives du système immunitaire aux infections virales. Conformément à ce rôle antiviral de l'autophagie de l'hôte, certains virus codent pour des facteurs de virulence qui interagissent avec le mécanisme d'autophagie de l'hôte et bloquent l'exécution de l'autophagie. En revanche, d'autres virus semblent utiliser des composants de la machinerie autophagique pour favoriser leur propre croissance intracellulaire ou leur sortie cellulaire non lytique. À mesure que les détails du ou des rôles de l'autophagie dans la pathogenèse virale deviennent plus clairs, de nouvelles thérapies antivirales pourraient être développées pour inhiber les avantages et améliorer les aspects destructeurs de l'autophagie sur le cycle de vie viral.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2852112/
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Message par zebu40 le Dim 26 Avr 2020 - 21:27

Bonsoir,

Ya toujours pas d'essais cliniques de l'Ivermectine au delà de quelques coupelles de Petri (et quelques cellules ) ? 
Ca fait déja 25 jours qu'on nous médiatise ça
Pourquoi temps de temps avant de passer aux étapes suivantes : "tissus", animaux, premier humains ?
Je veux dire , on est là sur un produit connu ça doit aller + vite à lancer les "plans d'expérience / types de patients à cibler", désormais.

Pour l'Afrique, comme de nombreux pays pauvres ailleurs, ça va devenir la foire aux conneries :'(

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Message par Pabanal le Lun 27 Avr 2020 - 12:14

Spoiler:
OK Topsy c'est juste le support RFI qui m'a fait revenir sur le sujet. Un Bémol toutefois, mais peut être n'est il pas placé à bon escient, je n'en fais pas un combat et j'ai autre choses à faire et je suis désolé de t'avoir fait perdre déjà trop de ton temps à ce sujet :  sur le site Apivirine.com il n'est pas dit il me semble que l'Apivirine est issus de plantes, il n'est pas dans la liste des produits issus de plantes, il est dit que le laboratoire propose des produits 100% naturels, pas que tous ses produits sont 100% naturels issus de plantes. Mais je peux me tromper et je n'en ai de toute façon plus à vendre, j'ai expédié le dernier lot ce matin.
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Message par Topsy Turvy le Dim 3 Mai 2020 - 20:03

(M - En) Pourquoi ce virus est-il si contagieux ? [7'56]

Résumé
Le SRAS-CoV-2 est super contagieux, et les chercheurs ne connaissent pas encore toutes les raisons. Mais en comparant ce nouveau virus au virus similaire qui cause le SRAS, nous avons trouvé beaucoup de pistes prometteuses qui pourraient nous aider à comprendre comment vaincre cette chose.

Why Is This Virus So Contagious? [7'56]

(SciShow)
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Message par tim9.5 le Mar 5 Mai 2020 - 12:28

Et quoi de neuf sur l'immunité acquise contre le covid19 ? Un médecin m'a dit que pour l'instant on a remarqué qu'on n'était pas immunisé en l'attrapant, et donc qu'on serait malade cycliquement. Y'a-t-il des études qui corroborent cette hypothèse ?
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Virus [Bio, biotech,…] (immunité, vaccins, coronavirus, covid-19, etc.) - Page 2 Empty Re: Virus [Bio, biotech,…] (immunité, vaccins, coronavirus, covid-19, etc.)

Message par Topsy Turvy le Mar 5 Mai 2020 - 13:07

Non, on ne sait pas encore combien de temps dure l'immunité. Les cas des personnes déclarée positives, puis négatives, puis positives à nouveau, l'OMS et la Corée du Sud se sont penchées dessus. Leur conclusion, c'est qu'il s'agissait de la détection de matériel génétique du virus dans des cellules pulmonaires mortes évacuées vers la sortie, par le haut des voies respiratoires, comme les déchets habituels, avec le mucus. Donc qu'il ne s'agissait pas de nouvelle infection peu après la première infection.
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Message par fleurblanche le Mar 12 Mai 2020 - 21:14

Mode d'emploi des masques : les choses à faire et à ne pas faire.


Les 6 choses à ne surtout pas faire :
1 – Ne jamais toucher la partie centrale du masque. C’est là que se trouve le filtre. Si on le touche, il devient hors d’usage.
2 – Ne pas porter son masque sous le visage, au niveau du cou. On éternue, on reçoit des projections ce qui rend le masque inutile.
3 – De la même façon, il ne faut pas placer le masque juste sous son nez. Cela le rend, là aussi, totalement inutile.
4 – Il faut à tout prix éviter de repositionner son masque une fois qu’on l’a placé. Si on le touche : on le jette.
5 – Il ne faut surtout pas garder le même masque plus de quatre heures. C’est le temps d’efficacité du filtre qui, humidifié par la respiration perd son étanchéité.
6 – Le masque ne dispense en rien des gestes barrière : on continue à se tenir à au moins un mètre les uns des autres et on ne se touche pas.

Les 6 choses à faire :
1 – Bien se laver les mains avant de mettre son masque, à l’eau et au savon ou avec un gel hydroalcoolique.
2 – On attrape toujours un masque par l’élastique.
3 – Pour le fixer sur ses oreilles, on le tient par les élastiques.
4 – Une fois placé, on tire rapidement le bas sur le menton, sans toucher la partie centrale.
5 – Il faut bien penser à fixer la barrette d’étanchéité sur le nez, en la pinçant. C’est elle qui évite que les particules filtrées par le masque ne ressortent à l’extérieur.
6 – Pour le retirer, on l’attrape aussi par l’élastique et, s’il s’agit d’un masque chirurgical, on le jette immédiatement et… on se relave les mains.

https://www.msn.com/fr-fr/actualite/coronavirus/les-12-choses-à-faire-et-ne-surtout-pas-faire-le-masque-mode-demploi/ar-BB13TBDu?ocid=spartanntp
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Message par Topsy Turvy le Mar 12 Mai 2020 - 21:46

Un tableau de mini aperçu des sept coronavirus humains :

Virus [Bio, biotech,…] (immunité, vaccins, coronavirus, covid-19, etc.) - Page 2 Tmpcv10

COVID-19: The first documented coronavirus pandemic in history,
Yen-Chin Liu, Rei-Lin Kuo, Shin-Ru Shih,
Biomedical Journal,
2020,
In Press, Uncorrected Proof

https://doi.org/10.1016/j.bj.2020.04.007.
Abstract: The novel human coronavirus disease COVID-19 has become the fifth documented pandemic since the 1918 flu pandemic. COVID-19 was first reported in Wuhan, China, and subsequently spread worldwide. The coronavirus was officially named severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by the International Committee on Taxonomy of Viruses based on phylogenetic analysis. SARS-CoV-2 is believed to be a spillover of an animal coronavirus and later adapted the ability of human-to-human transmission. Because the virus is highly contagious, it rapidly spreads and continuously evolves in the human population. In this review article, we discuss the basic properties, potential origin, and evolution of the novel human coronavirus. These factors may be critical for studies of pathogenicity, antiviral designs, and vaccine development against the virus.
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Message par siamois93 le Mar 19 Mai 2020 - 4:29

Un traitement en cours de développement :

http://www.bonusbiogroup.com/index.php/news-media/press-releases/item/32-bonus-biogroup-has-initiated-a-preclinical-study-of-a-unique-drug-developed-for-the-treatment-of-life-threatening-respiratory-distress-in-corona-covid-19-patients-and-pneumonia
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http://taijiquan.neuronnexion.fr

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