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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:01

Hello, welcome,

Je vous propose ici de (re)voir quelques notions de sciences et technologie du vivant en rapport avec le(s) (corona)virus.
On va commencer par diverses vidéos que je trouve sympas et de qualité, tant en terme de contenu que de présentation.
Le niveau d’explication et le style de présentation couverts sont variés, du niveau élémentaire fun au niveau avancé pointu.

J’ai sélectionné des vidéo YT uniquement pour pouvoir les intégrer directement dans les messages.
Malheureusement, beaucoup des vidéos qui me paraissent les plus intéressantes sont en anglais
Mais les vidéos en anglais proposées ici proposent des sous-titres (ou le script annexé, au pire).

Vous pouvez choisir le français comme langue de sortie des sous-titres.
Pour être sûr d’en bénéficier, sélectionner en bas à droite de l’image : Sous-titres,
puis : Paramètres - Sous-titres anglais-blabla - Traduire automatiquement - Français.

Merci de respecter la vocation informative que je souhaiterais pour ce fil :
- en respectant les autres même s’ils en savent moins ou plus que vous ;
- en évitant de confondre ici les savoirs académiques des autres savoirs ;
- en évitant de dévier trop loin des sciences du vivant au sens large.

Je propose à la louche un label S, M, L et En, Fr selon le niveau d’explication et la langue.
Sorry pour le flood initial, je trouve plus clair de découper en messages pas trop chargés.
N’hésitez pas à alimenter le fil, poser des questions, proposer du contenu et des réponses.

Enjoy !


Dernière édition par Topsy Turvy le Dim 22 Mar 2020 - 8:30, édité 1 fois
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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:02

Système immunitaire et vaccins (oui, d’abord, comme ça ce sera fait) :


(S - Fr) Comment fonctionne notre système immunitaire [2’44]

Résumé
Chercheur chez Genentech, Peter revient sur l'engagement de Roche dans la recherche en immuno-oncologie. Il nous explique comment fonctionne le système immunitaire face aux agents pathogènes.


Comment fonctionne notre système immunitaire [2’44]
(Roche France)


(S - En) Immunités et vaccins expliqués [2’11]

Résumé
Les vaccins agissent avec notre système immunitaire pour nous empêcher de tomber malades.


Immunity and Vaccines Explained [2’11]
(PBS)


(S - En) Antibiotiques, antiviraux et vaccins [9’28] (il y est pas mal question de système immunitaire)

Résumé
Explorez les bases du fonctionnement des antibiotiques, des antiviraux et des vaccins pour aider votre système immunitaire dans la lutte contre les agents pathogènes! Cette vidéo des Amoeba Sisters présente également brièvement les lignes de défense du système immunitaire et explique en quoi les vaccins peuvent être importants pour «l'immunité collective».

Plan
0:24 Bases du système immunitaire
2:50 Antibiotiques
4:35 Vaccins
5:41 Immunité collective
7:14 Antiviraux
8:04 Une dernière chose: les agents pathogènes peuvent évoluer (virus de la grippe)


Antibiotics, Antivirals, and Vaccines [9’28]
(Amoeba Sisters)


(M - En) Comment fonctionnent les vaccins ? - Kelwalin Dhanasarnsombut [4’35]

Résumé
Le premier vaccin a été créé lorsque Edward Jenner, un médecin  et scientifique anglais, a injecté avec succès de petites quantités d'un virus de la vache à un jeune garçon pour le protéger du virus apparenté (et mortel) la variole . Mais comment ce processus apparemment paradoxal fonctione-t-il ? Kelwalin Dhanasarnsombut détaille la science derrière les vaccins.


Comment fonctionnent les vaccins ? - Kelwalin Dhanasarnsombut [4’35]
(TED-Ed)



(L - Fr) Au coeur des organes : La réaction inflammatoire [3’41]

Résumé
La peau et les muqueuses constituent une barrière physique qui protège efficacement l’’organisme des agressions externes. Il arrive cependant qu’à la suite d’un traumatisme ou d’une infection, des micro-corps étrangers parviennent à franchir ce bouclier. Un mécanisme de défense complexe se met alors en place : la réaction inflammatoire… 


Au coeur des organes : La réaction inflammatoire [3’41]
(Inserm)


(L - Fr) Au coeur des organes : L'immunité adaptative [6’29]

Résumé
Lorsque virus et bactéries ont réussi à franchir la première barrière de défense de l’organisme (la réaction inflammatoire), une deuxième ligne se met en action : c’est l’immunité adaptative. Ce deuxième bouclier protecteur est spécifique aux vertébrés. Il met en œuvre un mécanisme complexe faisant appel à des globules blancs particuliers : les lymphocytes.


Au coeur des organes : L'immunité adaptative [6’29]
(Inserm)


(M - En) Les systèmes immunitaires innés et adaptatifs [3’22]

Résumé
La défense du corps humain contre les maladies infectieuses.


The Innate and Adaptive Immune Systems [3’22]
(Vaccine Makers Project)


(M - En) Comment fonctionnent les anticorps? [2’21]

Résumé
L'arme ultime du système immunitaire humain.


How do Antibodies Work? [2’21]
(Vaccine Makers Project)


(M - En) Guerres d'immunologie: un milliard d’anticorps [2’15]

Résumé
Notre corps peut créer des milliards d'anticorps pour combattre des milliards de maladies potentielles. Mais comment notre système immunitaire transforme-t-il un nombre limité de gènes en une incroyable diversité de protéines anticorps?


Immunology wars: A billion antibodies [2’15]
(Nature Video)


(L - En) Immunologie de la peau [7’29]

Résumé
La peau est la principale barrière du corps contre les agressions physiques et les agents pathogènes microbiens. Des sous-ensembles diversifiés et fonctionnellement spécialisés de cellules immunitaires dans le sens cutané et répondent à l'infection ou à diverses brèches de barrière pour activer une réponse immunitaire et, éventuellement, retourner à l'homéostasie. Cependant, les réponses immunitaires déréglementées peuvent également provoquer des troubles cutanés, tels que le psoriasis.


Immunology in the skin [7’29]
(Nature Video)


(L - En) Immunologie du poumon [5’40]

Résumé
Nos poumons apportent de l'oxygène vital et expulsent le dioxyde de carbone. Mais ils sont également un site immunitaire important. Ils filtrent l'air que nous respirons, repoussant les envahisseurs et réparant les blessures. Mais parfois, ces puissantes réponses immunitaires réagissent de manière excessive, provoquant des maladies telles que l'asthme.


Immunology of the Lung [5’40]
(Nature Video)
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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:07

Les virus (généralités) :


(S - En) Attaque de grippe! Comment un virus envahit votre corps [3’39’’]

Résumé
Lorsque vous attrapez la grippe, les virus transforment vos cellules en minuscules usines qui aident à propager la maladie. Dans cette animation, Robert Krulwich de NPR et l'animateur médical David Bolinsky expliquent comment un virus de la grippe peut inciter une seule cellule à fabriquer un million de virus supplémentaires.


Flu Attack! How A Virus Invades Your Body [3’39’’]
(NPR)


(S - En) Virus [6’48]

Résumé
Les Amoeba Sisters se penchent sur les virus.

Plan
0:29 Introduction à un virus
1:10 Structure du virus
14h30 Cycle lytique
3:41 Cycle lysogénique
4:48 VIH
5:52 Virus en thérapie génique, pesticides


Viruses [6’48]
(Amoeba Sisters)


(S - En) D’où viennent les nouveaux virus? [10’09]

Résumé
Bien que l'origine du nouveau Coronavirus ne soit pas encore connue, nous savons d'où viennent normalement les nouveaux virus. Astuce: la théorie de l'évolution de Darwin regorge d'indices!
Dans cette animation, vous obtiendrez un cours intensif de virologie. Vous apprendrez comment les virus diffèrent des autres microbes, pourquoi la plupart des virus ne peuvent infecter qu'un seul type d'organisme hôte et comment les virus évoluent pour infecter de nouveaux hôtes.


Where Do New Viruses Come From? [10’09]
(Stated Clearly)


(M - En) Dérive antigénique: comment le virus de la grippe s'adapte [3’26]

Résumé
Mutations saisonnières et immédiates qui permettent au virus de la grippe d'échapper à l'immunité.


Antigenic Drift: How the Influenza Virus Adapts [3’26, mais intro de 40-50’’]
(Vaccine Makers Project)


(M - En) D’où proviennent les virus? [8’13 ’’]

Résumé
Il y a des fossiles de virus, en quelque sorte, conservés dans l'ADN des hôtes qu'ils ont infectés. En t'incluant. Cette trace de fossiles moléculaires peut nous aider à comprendre d'où viennent les virus, comment ils ont évolué et elle peut même nous aider à résoudre la plus grande question de tous: les virus sont-ils vivants?


Where Did Viruses Come From? [8’13’’]
(PBS Eons)


Dernière édition par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:44, édité 1 fois
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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:08

Covid-19 (et SARS-CoV-19 ) :


(M - En) Épidémie de coronavirus (covid 19) expliquée grâce à l'animation médicale 3D [6’08]

Résumé
Le nouveau coronavirus nCoV 2019 menace rapidement de devenir une pandémie. Cette animation médicale 3D explique l'histoire jusqu'à présent, couvrant ce qu'est une pandémie, les taux actuels d'infection et des conseils pour se protéger contre les infections. Il explore également la biologie et le mécanisme d'action du MoA que le coronavirus utilise pour infecter et détruire les cellules humaines. Bien que le MoA exact pour ce coronavirus ne soit pas connu.


Coronavirus outbreak (covid 19) explained through 3D Medical Animation [6’08]
(Scientific Animations )
Voice over (traduction rapide) :

Une flambée d'infections à coronavirus dans la province chinoise de WuHan en décembre 2019, menace d'émerger comme la prochaine pandémie. Au dénombrement actuel, plus de 30 000 cas et 600 décès ont été signalés en Chine et plus de 300 cas dans 25 autres pays. Des études de modélisation non officielles menées par un certain nombre d'institutions font état de plus de 150 000 infections. La vitesse alarmante de transmission est en partie due au fait que le virus se propage dans l'air et au toucher. En utilisant la puissance de l'animation médicale 3D, cette vidéo couvre ce qu'est une pandémie, comment ce coronavirus (COVID-19) se propage, comment le coronavirus attaque le corps et quelles sont les précautions recommandées à prendre pour se protéger contre les épidémies.

Pandémies passées

Les pandémies indiquent des flambées de maladie qui se sont propagées pour couvrir une région entière ou le monde. Une pandémie peut entraîner des pertes massives de vies. Au cours des 100 dernières années, il y a eu 4 pandémies mondiales, la pire avec la pandémie de grippe de 1918 qui a fait 50 à 100 millions de morts. Bien qu'aucune pandémie mondiale n'ait été transmise par la famille des coronavirus, 2 épidémies régionales ont résulté de cette famille de virus. Ils comprennent le syndrome respiratoire aigu sévère ou SRAS et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient ou MERS en 2001-2003 et 2012-2015 respectivement, et ont fait plus de 1500 décès.

Le virus COVID-19

Il reste encore beaucoup à savoir sur le nouveau coronavirus 2019. Une étude précoce de 99 personnes infectées a montré une mortalité élevée de 11%, similaire au SRAS, et des taux d'admission en USI de 23%. Une étude antérieure a décrit une pathologie virale avec une période d'incubation de huit jours, une semaine d'infection suivie d'une escalade potentielle vers l'hospitalisation et les soins intensifs sur une période supplémentaire de 8 à 10 jours.

D'autres indications rapprochaient le taux de mortalité de 4%. Au 6 février, le virus comptait plus de 40 000 cas confirmés rien qu'en Chine et près de 200 cas dans plus de 25 autres pays. Cependant, le Dr Jonathan Reed du Royaume-Uni estime que le nombre de cas réels est beaucoup plus élevé et a estimé entre 170 et 300 mille le 9 février. En effet, les symptômes peuvent être légers et échapper aux rapports et aux tests. De plus, contrairement au SRAS, certains patients peuvent être infectieux pendant leur période d'incubation, avant l'apparition de tout symptôme.

Mécanisme d'action (mécanisme de la maladie) du coronavirus

Le nouveau coronavirus 2019 est une souche récemment découverte de la famille des coronavirus qui provoque des maladies respiratoires. Les humains ont longtemps été infectés par le coronavirus car il est l'un des responsables du rhume. Il s'agit d'une infection virale contagieuse transmise par inhalation ou ingestion de gouttelettes virales. Par conséquent, la toux et les éternuements et le contact avec les surfaces infectées sont les principales sources d'infection.

La structure du coronavirus comprend plusieurs parties. À l'intérieur du virus se trouve l'encodage génétique qui permet au virus de détourner les cellules humaines et de les transformer en usines à virus. Une protéine encapsule le matériel génétique connu sous le nom d'enveloppe virale. À la surface du virion se trouvent des protéines S et HE. La structure du nouveau coronavirus 2019 est une mutation. Pour plus d'informations à ce sujet, consultez le lien ci-dessous.

Les grosses glycoprotéines S sont utilisées par le virus pour pénétrer dans les cellules humaines. Ils se fixent très probablement aux récepteurs de l'enzyme de conversion 2 de l'angiotensine sur la membrane cellulaire permettant l'entrée du virus. Le mécanisme exact pour cela n'est pas connu. Très probablement, comme indiqué ici, la cellule humaine ingère le virus dans un processus connu sous le nom d'endocytose.

Une fois à l'intérieur du cytoplasme, l'endosome s'ouvre pour révéler le matériel génétique du virus, un ARN simple brin. Le virus détourne la machinerie cellulaire pour répliquer l'ARN et les protéines N et utilise le réticulum endoplasmique pour former sa couche externe de protéine M et la toute importante protéine S. Après la réplication, le virus est transporté par les corps de Golgi hors de la cellule dans un processus appelé exocytose, de sorte qu'il peut infecter d'autres cellules. Pendant ce temps, le stress de la production virale sur le réticulum endoplasmique conduit finalement à l'apoptose, ou à la mort cellulaire.

Il convient de noter que le mécanisme d'action pour le nouveau coronavirus 2019 est inconnu. Cependant, des scientifiques en Chine ont séquencé le génome, tandis que d'autres ont utilisé le séquençage pour visualiser la structure.

Précautions recommandées

Il n'y a actuellement aucun remède ou vaccin pour le nouveau coronavirus 2019, et le traitement n'est que de soutien. Par conséquent, la prévention de la transmission est primordiale. En tant que virus aéroporté, les précautions recommandées sont similaires à celles de la prévention de la grippe. Ceci comprend:

se laver les mains régulièrement avec du savon et de l'eau et pendant 20 secondes
éternuements et toux couvrant l'intérieur du coude
s'abstenir de toucher des surfaces de contact élevées comme les garde-corps et les poignées de porte
si vous utilisez des mouchoirs, jetez-les immédiatement
évitez les contacts étroits avec les personnes malades.
Pour plus d'informations sur les précautions et les meilleures pratiques, consultez la liste de références ci-dessous.

Résumé

Le risque pandémique du nouveau coronavirus est bien réel. Cependant, la biologie a considérablement progressé au cours des 15 dernières années depuis le SRAS, tout comme la communication entre les biologistes et les gouvernements, la Chine a déployé des efforts considérables pour contenir la propagation du virus. De plus, certains médicaments existants et expérimentaux offrent de l'espoir pour traiter l'infection et améliorer les résultats. Mais même encore, les habitudes de contrôle des infections restent primordiales si l’humanité veut éviter une pandémie complète. Pour plus d'informations, consultez les ressources répertoriées ici.

A retenir :

R-Naught est le nombre moyen de personnes qu'une personne infectée infectera. Une étude place R Zéro à 2,7 pour le nouveau coronavirus 2019.

L'épidémie devrait doubler tous les 6,4 jours.

La période d'incubation du nouveau coronavirus se situerait entre 2 et 14 jours. Une étude en Chine a calculé la période d'incubation à 5,2 jours.

Le récepteur ACE 2 a également été impliqué dans l'épidémie de coronavirus du SRAS.


(M - En) COVID-19 (Coronavirus Disease 19) - causes, symptômes, diagnostic, traitement, pathologie [12’20]

Qu'est-ce que COVID-19 (Coronavirus Disease 19)? Les coronavirus qui circulent parmi les humains sont généralement bénins, et ils causent environ le quart de toutes les maladies froides courantes. Mais parfois, les coronavirus, comme COVID-19, circulent dans un réservoir animal et mutent juste assez pour pouvoir commencer à infecter et à provoquer des maladies chez l'homme.


COVID-19 (Coronavirus Disease 19) - causes, symptoms, diagnosis, treatment, pathology [12’20]
(Osmose)


(SM - En) COMMENT COVID-19 AFFECTE-T-IL LE CORPS? [5’14]


HOW DOES COVID-19 AFFECT THE BODY? [5’14]
(Neural Academy)
Voice over (traduction rapide) :

Les coronavirus (CoV) sont une famille de virus qui causent des maladies comme le rhume, ainsi que des maladies plus graves, telles que le syndrome respiratoire du Moyen-Orient et le syndrome respiratoire aigu sévère. Un nouveau coronavirus (nCoV) est une nouvelle souche - qui n’a pas été reconnue auparavant chez l’homme.
Les coronavirus provoquent des maladies chez les mammifères et les oiseaux. Un virus zoonotique est un virus qui se transmet entre les animaux et les humains. Lorsqu'un virus circulant dans des populations animales infecte des personnes, cela est appelé «événement de contagion».
Comment CoVID-19 affecte-t-il le corps? Le virus est équipé de pointes de protéines qui dépassent de l'enveloppe qui forme la surface et abrite un noyau de matériel génétique. Tout virus qui pénètre dans votre corps recherche des cellules avec des récepteurs compatibles - ceux qui lui permettent d'envahir la cellule. Une fois qu'ils ont trouvé la bonne cellule, ils entrent et utilisent le mécanisme de réplication de la cellule pour créer des copies d'eux-mêmes. Il est probable que COVID-19 utilise le même récepteur que le SRAS - présent dans les poumons et l'intestin grêle.
On pense que CoVID-19 partage de nombreuses similitudes avec le SRAS, qui comporte trois phases d'attaque: la réplication virale, l'hyper-réactivité du système immunitaire et enfin la destruction pulmonaire. Au début de l'infection, le coronavirus envahit deux types de cellules dans les poumons - les cellules du mucus et des cils. Le mucus empêche vos poumons de se dessécher et les protège des agents pathogènes. Cilia a battu le mucus vers l'extérieur de votre corps, éliminant les débris - y compris les virus! - hors de vos poumons. Les cellules de cils étaient les hôtes préférés du SRAS-CoV et sont probablement les hôtes préférés du nouveau coronavirus. Lorsque ces cellules meurent, elles se déposent dans vos voies respiratoires, les remplissant de débris et de liquide. Les symptômes comprennent une fièvre, une toux et des difficultés respiratoires. Beaucoup de personnes infectées contractent une pneumonie dans leurs deux poumons.
Entrez dans le système immunitaire. Les cellules immunitaires reconnaissent le virus et envahissent les poumons. Le tissu pulmonaire s'enflamme. Pendant la fonction immunitaire normale, le processus inflammatoire est très régulé et se limite aux zones infectées. Cependant, le système immunitaire réagit parfois de manière excessive, ce qui endommage les tissus sains. De plus en plus de cellules meurent et se déposent dans les poumons, les obstruant davantage et aggravant la pneumonie.
À mesure que les dommages aux poumons augmentent, la troisième étape commence, entraînant potentiellement une insuffisance respiratoire. Les patients qui atteignent ce stade d'infection peuvent subir des lésions pulmonaires permanentes ou même mourir. Nous constatons les mêmes lésions dans les poumons des personnes infectées par le nouveau coronavirus que celles atteintes du SRAS. Le SRAS crée des trous dans les poumons, de sorte qu'ils ressemblent à des nids d'abeilles. Cela est probablement dû à la réponse immunitaire hyperactive susmentionnée, qui affecte les tissus infectés et sains et crée des cicatrices qui rigidifient les poumons. En tant que tel, certains patients peuvent nécessiter des ventilateurs pour faciliter la respiration.
L'inflammation se traduit également par des alvéoles plus perméables. C'est l'emplacement de l'interface mince d'échange de gaz, où vos poumons remplacent le dioxyde de carbone dans votre sang par de l'oxygène frais que vous venez d'inhaler. Une perméabilité accrue provoque une fuite de liquide dans les poumons. Cela diminue la capacité des poumons à oxygéner le sang et, dans les cas graves, les inonde de sorte que vous devenez incapable de respirer. Parfois, cela peut être fatal.
La réaction excessive du système immunitaire peut également causer un autre type de dommages. Les protéines appelées cytokines sont le système d'alarme du système immunitaire, recrutant des cellules immunitaires vers le site d'infection. La surproduction de cytokines peut entraîner une tempête de cytokines, où il y a une inflammation à grande échelle dans le corps. Les vaisseaux sanguins deviennent plus perméables et le liquide s'infiltre. Cela rend difficile pour le sang et l'oxygène d'atteindre le reste du corps et peut entraîner une défaillance de plusieurs organes. Cela s'est produit dans les cas les plus graves de CoVid-19. Bien qu'il n'existe aucun traitement spécifique pour les coronavirus, les symptômes peuvent être traités par des soins de soutien. De plus, des vaccins sont actuellement en cours de développement.
Que pouvez-vous faire pour vous protéger du CoVid-19? Le protocole de base se résume au lavage régulier des mains, en évitant tout contact étroit avec quiconque tousse ou éternue, en évitant tout contact inutile avec les animaux, en se lavant les mains après le contact avec les animaux, en faisant bien cuire la viande et les œufs avant la consommation, et en se couvrant la bouche et le nez pendant la toux ou les éternuements . Les virus respiratoires sont généralement transmis par des gouttelettes dans les éternuements ou la toux des personnes infectées, empêchant ainsi leur voyage arrête la propagation de la maladie.
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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:09

Aspects cliniques :


(M - En) Pneumonie - causes, symptômes, diagnostic, traitement, pathologie [11’14]

Résumé
Qu'est-ce que la pneumonie? La pneumonie est une infection des poumons qui peut être causée par divers agents pathogènes, notamment des virus, des bactéries, des champignons et des mycobactéries.


Pneumonia - causes, symptoms, diagnosis, treatment, pathology [11’14]
(Osmose)


(L - En) Caractéristiques en imagerie de COVID-19 [7'22]


Imaging Features of COVID-19 [7'22]
(Osmose)


[Pour les tests de diagnostic, voir plus bas.]


Dernière édition par Topsy Turvy le Jeu 26 Mar 2020 - 20:45, édité 1 fois (Raison : mise à jour imagerie)
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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:10

Notions de génétique :


(S - En) ADN vs ARN [6’30]

Pourquoi l'ARN est-il aussi cool que l'ADN? Rejoignez les Amoeba Sisters alors qu'elles comparent et contrastent l'ARN avec l'ADN et découvrez pourquoi l'ADN devrait partager la vedette!

Plan
0:54 Similitudes de l'ADN et de l'ARN
1:35 ADN et ARN contrastés
2:22 Appariement de la base d'ADN
2:40 Appariement de la base d'ARN
2:57 ARNm, ARNr et ARNt
4:06 Quiz rapide!


DNA vs RNA [6’30]
(Amoeba Sisters)


(S - En) Mutations [7’13]

Résumé
Rejoignez les Amoeba Sisters pour expliquer les mutations géniques et chromosomiques et explorez la signification de ces changements.


Mutations [7’13]
(Amoeba Sisters)


(M - En) ADN viral dans le génome humain (évolution par infection) [10’41]

Résumé
S'il n'y avait pas d'ADN viral dans le génome humain, les humains n'existeraient PAS. L'évolution du placenta des mammifères s'est produite à cause des rétrovirus endogènes. Les virus du génome humain sont venus d'infections il y a des millions d'années qui sont restées dans notre ADN.
Les rétrovirus endogènes humains se trouvent sur des virus fonctionnels plus longs capables d'infecter. Au lieu de cela, ce qui reste dans le génome humain sont des parties de ces virus, des gènes importants spécifiques. Ce sont les gènes critiques de l'évolution placentaire. Les mammifères placentaires ont adopté ces gènes d'une manière merveilleuse et ont transformé un outil utilisé par les virus pour infecter les cellules en un outil pour créer le placenta.
L'évolution du placenta des mammifères n'est pas un événement rare et ponctuel. Au lieu de cela, l'évolution du placenta des mammifères s'est produite à plusieurs reprises. Ce qui est encore plus étonnant, c'est que le placenta a également évolué chez les espèces non mammifères.
Nous, les humains, avons besoin de gènes de rétrovirus pour notre développement. Nous descendons des virus.


Virus DNA in human genome (evolution by infection) [10’41]
(Every Cell A Universe)
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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:11

Fabrication de vaccins (grippe,…) :


(M - Fr) La fabrication des vaccins, un processus long et complexe [2’28]

Résumé
La production de vaccins est le résultat d’un processus de fabrication long et complexe qui peut durer jusqu’à 36 mois. Découvrez toutes les étapes dans cette vidéo.


La fabrication des vaccins, un processus long et complexe [2’28]
(MSD France)


(M - En) Atténuation: comment les scientifiques fabriquent des vaccins vivants [2’04]

Résumé
Apprivoiser les virus vivants pour enseigner le système immunitaire humain.


Attenuation: How Scientists Make Live Vaccines [2’04]
(Vaccine Makers Project)


(M - Fr) Vaccin contre la grippe - processus de fabrication pour l'hémisphère nord [1’48]


Vaccin contre la grippe - processus de fabrication pour l'hémisphère nord [1’48]
(Sanofi Pasteur)
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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:12

Tests de détection de SARS-CoV-2 :


(S - Fr) Comment fonctionne le test de dépistage du Coronavirus Covid-19 ? [1’49]

Résumé
Pascal Cherpillod, Responsable du CRIVE (Centre national de Référence pour les Infections Virales Emergentes), nous explique comment fonctionne le test de dépistage du Coronavirus Covid-19.


Comment fonctionne le test de dépistage du Coronavirus Covid-19 ?[1’49]
(Hopitaux Universitaires de Genève)


(M - En) La science derrière le virus: comment tester le nouveau coronavirus [3’59]

Résumé
L'épidémie du nouveau coronavirus en Chine en janvier dernier a vu des personnes souffrant de fièvre, de toux, d'essoufflement et même de pneumonie sévère. Mais ce ne sont que des symptômes qui pourraient être causés par d'autres maladies. Comment tester un virus que nous n'avons jamais vu auparavant?


Science Behind Virus: How to test for new coronavirus [3’59]
(CGTN)


(M - En) À l'intérieur d'un laboratoire canadien testant le coronavirus [2’39]

Résumé
Des chercheurs canadiens ont rapidement développé des tests pour le nouveau coronavirus et Christine Birak, de CBC News, apprend comment ils fonctionnent et pourquoi chacun prend 24 heures pour être traité.


Inside a Canadian lab testing for coronavirus [2’39]
(CBS News)


(M - En) Comment fonctionnent les kits de test  [3’37]

Résumé
Les kits de test ont été l'un des principaux moyens de déterminer si un patient a un coronavirus, mais les résultats des tests de prélèvement de gorge peuvent être inexacts. WSJ a visité un laboratoire à Singapour pour voir comment fonctionnent les kits et découvrir pourquoi il y a des questions


How Coronavirus Test Kits Work [3’37]
(Wall Street Journal)
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Message par Topsy Turvy le Mer 11 Mar 2020 - 17:14

Séquençage de génome, synthèse de génome, biotechnologies :


(M - En) Pourquoi les laboratoires impriment le génome du coronavirus [5’27’’ mais 30’’ d’intro]

Résumé
Le monde a du mal à contenir la nouvelle épidémie de coronavirus. Mais grâce à la nouvelle technologie de séquençage et de synthèse du matériel génétique, les scientifiques sont en mesure d'identifier et d'étudier ce virus plus rapidement que jamais. Sera-ce suffisant?


Why labs are printing the coronavirus genome [5’27’’ mais 30’’ d’intro]
(Verge Science)
traduction rapide de l’article publié en parallèle :

Traduction rapide de l’article publié en parallèle de la vidéo
Pour lutter contre le coronavirus, les laboratoires impriment son génome
Ils sont capables de le faire plus rapidement et moins cher que jamais
Par Nicole Wetsman 11 février 2020 à 10 h 00
[…]
Les chercheurs ont obtenu une victoire précoce en janvier. Il n'a fallu que deux semaines après que les responsables de la santé publique ont signalé le virus à l'Organisation mondiale de la santé (OMS) pour que les scientifiques isolent le virus et déterminent la séquence complète de son matériel génétique. Dès que cette séquence a été rendue publique, les sociétés de biotechnologie ont commencé à créer des copies synthétiques du virus qui pourraient être utilisées dans la recherche.

Tout cela s'est produit plus rapidement que jamais. Lors de l'épidémie de SRAS en 2002, il a fallu des mois avant que le génome viral ne soit séquencé et encore plus longtemps avant d'être refait en laboratoire. La vitesse est importante car l'épidémie ne ressemble à rien de ce que les experts en santé publique ont vu auparavant. Depuis début février, plus de 20 000 nouvelles personnes ont développé des cas confirmés d'infection virale. Malgré les efforts déployés pour arrêter la propagation du virus, certains experts craignent que cela ne soit pas possible.

La synthèse génétique est également beaucoup moins chère qu'elle ne l'était il y a deux décennies. Ensuite, il en a coûté 10 $ pour créer une copie synthétique d'un seul nucléotide, l'élément constitutif du matériel génétique. Maintenant, c'est moins de 10 cents. Le nouveau gène du coronavirus mesure environ 30 000 nucléotides, de sorte que la réduction du prix fait une grande différence dans le nombre de copies que les scientifiques peuvent faire.

Avec des séquences génétiques et des copies synthétiques, les experts ont pu développer rapidement des tests de diagnostic pour le virus. La semaine dernière, un peu plus d'un mois après la déclaration du virus, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) ont commencé à expédier les kits de test qu'il a développés aux laboratoires des États-Unis et du monde entier. Il a également pu commencer à créer des vaccins. Des dizaines sont en cours de développement dans les sociétés pharmaceutiques, et Anthony Fauci, directeur des National Institutes of Allergy and Infectious Diseases, dit qu'un vaccin candidat entrera dans les essais cliniques dans les trois mois.

Dans notre dernière vidéo Verge Science, nous examinons les processus génétiques qui ont rendu ces développements possibles et comment ils contribuent à la lutte contre l’épidémie de coronavirus.

Lien vers l’article :
https://www.theverge.com/2020/2/11/21132224/coronavirus-outbreak-genetic-sequencing-viral-dna-treatment-biotechnology


(M - En) Séquençage d’ADN par nanopore [4’29]

Résumé
Présentation du séquençage d’ADN et/ou de l’identification d’ADN, d’ARN et de protéines par nanopore.


Nanopore DNA sequencing [4’29]
(National DNA Sequencing)

(M - En) MinION - The only portable real-time device for DNA and RNA sequencing [2’31]

Résumé
MinION est le seul appareil portable en temps réel pour le séquençage d'ADN et d'ARN.
Chaque Flow Cell consommable peut désormais générer 10 à plus de 30 Go de données de séquence d'ADN. Le record actuel est de 43 Go.
Le MinION diffuse les données en temps réel afin que l'analyse puisse être effectuée pendant l'expérience et les flux de travail sont entièrement polyvalents.


MinION - The only portable real-time device for DNA and RNA sequencing [2’31]
(oxford Nanopore Technology)


(M - En) Ion Torrent™ next-gen sequencing technology [3’06]


Ion Torrent™ next-gen sequencing technology [3’06]
(Thermo Fisher Scientific)


(S - En) Électrophorèse sur gel [7’54]

Résumé
Explorez l'électrophorèse avec The Amoeba Sisters! Cette vidéo de biotechnologie présente l'électrophorèse sur gel et son fonctionnement pour séparer les molécules par taille.

Plan
(Exemple de) Comment l'électrophorèse sur gel peut trier les molécules 1:42
Rôle de l'enzyme de restriction 3:20
Exemple 1: électrophorèse de la mère et du bébé Guppy 4:31
Fragments d'ADN plus longs vs Fragments d'ADN plus petits 4:49
Exemple 2: Résolution de problèmes avec l'électrophorèse sur gel 5:33
Échelle d'ADN: 6:05
Empreinte ADN 7:14


Gel Electrophoresis [7’54]
(Amoeba Sisters)


(M - En) Animation HD de la réaction en chaîne par polymérase [1’47]


Polymerase Chain Reaction HD Animation [1’47]
(McGraw-Hill Animations)


(L - En) Qu'est-ce que le séquençage de nouvelle génération? [9’29]

Résumé
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une plate-forme puissante qui a permis le séquençage de milliers à des millions de molécules d'ADN simultanément. Cet outil puissant révolutionne des domaines tels que la médecine personnalisée, les maladies génétiques et les diagnostics cliniques en offrant une option à haut débit avec la capacité de séquencer plusieurs individus en même temps.

Corrections:
0: [0:35] Sanger Sequencing a été développé en 1977, pas dans les années 1900
2: [2:22] La vidéo fait référence à une machine "Illumina MySeq" - le nom correct de la machine est en fait "Illumina MiSeq"


Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction [9’29]
(Applied Biological Materials)


(L - En) Séquençage de nouvelle génération (NGS) - Préparation des échantillons [12’52]

[séquençage d’ARN total : de 8’12 à 10’05]


Next Generation Sequencing (NGS) - Sample Preparation [12’52]
(Applied Biological Materials)


(L - En) Tutoriel PCR (Polymerase Chain Reaction) - Introduction [8’50]

Résumé
Cette introduction à la PCR démontrera que la PCR est une technique fondamentale utilisée pour amplifier des fragments d'ADN, en utilisant fréquemment la polymérase Taq pour faciliter l'amplification pendant le processus de cyclage thermique.


PCR (Polymerase Chain Reaction) Tutorial - An Introduction [8’50]
(Applied Biological Materials)


(XL - En) Le principe de la PCR-Polymerase Chain Reaction, une explication complète et facile [20’34]

Cette vidéo explique complètement et facilement la PCR, la technique, le principe et le protocole.


The principle of PCR-Polymerase Chain Reaction, a full and easy explanation [20’34]
(Biomedical and Biological Sciences)


(XL - En) Le principe de la PCR en temps réel, de la transcription inverse, de la rt-PCR quantitative [28’52]


The principle of Real Time PCR, Reverse Transcription, quantitative rt-PCR [28’52]
(Biomedical and Biological Sciences)
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Message par ludion le Mer 11 Mar 2020 - 17:39

Ouhla !

Merci Topsy Turvy pour cette avalanche de données ! Je vais regarder ça avec attention.

PS : Et cela me donne envie de faire pareil avec l'informatique Wink
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Message par Topsy Turvy le Jeu 12 Mar 2020 - 15:57

Les sciences du vivant se prêtent peut-être mieux que l'informatique à des représentations visuelles dynamiques.
D'ailleurs, je dirais qu'il est nécessaire de voir (littéralement) les objets des sciences du vivant et des biotechnologies, ne serait-ce que de manière schématisée, pour pouvoir les appréhender.


Ici, un article pointu plutôt qu'une vidéo sympa, en attendant de peut-être proposer un fil d'articles scientifiques sur le virus qui fait mousser la planète (parce que je ne sais plus trop de quoi j'ai déjà parlé ou pas sur f(x)=...) :

Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein
Alexandra C. Walls, Young-Jun Park, M. Alejandra Tortorici, Abigail Wall, Andrew T. McGuire, David Veesler
Cell
Online
Published: March 9, 2020
In Press Corrected Proof
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Message par Topsy Turvy le Jeu 12 Mar 2020 - 17:09

La vidéo suivante, c'est le genre d'informations pseudo-scientifiques et totalement fausses qui m'agacent.

Le savon est ordinaire. Peut-il vraiment tuer un virus? (OUI! Maintenant lavez-vous les mains)
Démo montrant l'efficacité du savon.
Dr Lucy Rogers




Ben non, le savon, ça ne tue pas les virus.
Et les virus ne s'enfuient pas non plus à l'arrivée de savon.

Si on met quelque chose qui flotte et qui est hydrophile plutôt qu'hydrophobe (qui reste dans le vinaigre plutôt que dans l'huile de la sauce à salade), comme ici du poivre, et qu'on dépose du savon dans ce mélange huile/eau (dont on ne doute pas que l'huile est au-dessus mais c'est égal), les molécules du savon (un tensioactif) introduit sans agitation en un point vont se disposer de telle sorte que les autres molécules (et le poivre) seront repoussées autour de ce point, ce qui provoque une zone circulaire "propre" centrée là, dépourvue de poivre (et d'huile, accessoirement).

C'est d'ailleurs idiot d'avoir mis de l'huile dans son expérience, ce n'était pas nécessaire, si ce n'est pour prétendre que son expérience était représentative du lavage des mains, où le savon sert effectivement à quelque chose en rapport avec des lipides, en l'occurrence à émulsionner ceux-ci pour les faire partir avec l'eau de rinçage.

Laver-vous les mains, oui. Mais, s'il vous plaît, ne colportez pas des fake-news du style "le savon tue les virus". C'est faux, toute scientifique que puisse être Dr Rogers.

J'imagine déjà les gens qui vont mettre du savon sur leur main sans rincer, pour "plus d'efficacité contre les virus". On n'est pas rendu.


Quelques expériences marrantes :

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Message par Topsy Turvy le Jeu 12 Mar 2020 - 18:54

Je n'avais pas vu passer, un cours sur l'épidémiologie avec covid-19 comme thème.

(L - En sous-titré) COVID-19: cours de Marcel Salathé à l'EPFL le 26 février 2020 [1h33'20]

Résumé
Le 26 février 2020, l'épidémiologiste Marcel Salathé a donné un cours sur le nouveau Coronavirus responsable du COVID-19. Sous-titres français disponibles.


COVID-19: EPFL's Marcel Salathé course on Feb 26, 2020 [1h33'20]
(EPFL)


(L - En) Prof. Marcel Salathé - COVID mise à jour le 8.3.2020 [22'21]

Résumé
Une vidéo plus récente contenant les informations mises à jour.


Prof. Marcel Salathé - COVID update 8.3.2020 [22'21]
(EPFL)
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Message par Topsy Turvy le Jeu 12 Mar 2020 - 20:39

Je remets ici deux liens proposés par Salathé.
Un site et un blog d'épidémiologie génomique.

https://nextstrain.org
Real-time tracking of pathogen evolution

https://bedford.io/blog/ncov-cryptic-transmission/
Cryptic transmission of novel coronavirus revealed by genomic epidemiology
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Message par Topsy Turvy le Jeu 12 Mar 2020 - 23:10

Molecular Evolution of Human Coronavirus Genomes
Diego Forni, Rachele Cagliani, Mario Clerici, Manuela Sironi
Trends in Microbiology, Vol. 25, Issue 1, 35-48
January 01, 2017
[Review]

Abstract vidéo :

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Message par Topsy Turvy le Ven 13 Mar 2020 - 13:29

Un chapitre de livre sur les coronavirus, et donc même thématique que le message ci-dessus
Ici un poil plus ancien mais dans un format plus "grand public" car chapitre de textbook :

Chapter 31 - Coronaviruses
Christopher J.BurrellColin R.HowardFrederick A.Murphy
in
Fenner and White's Medical Virology (Fifth Edition) 2017, Pages 437-446
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Message par Topsy Turvy le Sam 14 Mar 2020 - 0:19

Hier, l'OMS a fait grader l'épidémie en pandémie (enfin).
Là-dessus, une vidéo TED-Ed très sympa (jolie et tout) :


(M - En sous-titré) Comment les pandémies se répandent [7’59]

Résumé
Sur notre planète de plus en plus mondialisée, une seule personne infectée peut prendre un avion et répandre un virus sur tous les continents. Mark Honigsbaum décrit l'histoire des pandémies et comment cette connaissance peut contribuer à arrêter les futures épidémies.


Comment les pandémies se répandent [7’59]
(TED-Ed)


Dans les TED-Ed, il y a aussi la vidéo suivante que je n'avais pas encore proposée. Je la trouve moins claire que d'autres déjà proposées plus haut, mais sympa quand même. Je la propose ici en complément.

C'est aussi l'occasion de souligner le problème de la compatibilité des virus avec plusieurs hôtes qui est un problème de taille pour la santé humaine, d'où les tristement célèbres grippes porcines et grippes aviaires par exemple.

SARS-CoV-2 nous viendrait du Pangolin (à confirmer) et on espère qu'il ne va pas bénéficier de compatibilité avec des (autres) hôtes de notre environnement.


(M - En) Comment les virus passent-ils des animaux aux humains? - Ben Longdon

Résumé
Lors d'une foire dans le Maryland en 2017, les agriculteurs ont signalé des porcs fiévreux aux yeux enflammés et aux museaux en cours d'exécution. Alors que les éleveurs s'inquiétaient pour les porcs, le ministère de la Santé s'inquiétait d'un groupe de fées malades. Bientôt, 40 de ces participants recevront un diagnostic de grippe porcine. Comment les agents pathogènes d'une espèce peuvent-ils infecter une autre, et qu'est-ce qui rend ce saut si dangereux? Explique Ben Longdon.


How do viruses jump from animals to humans? - Ben Longdon [5’04]
(TED-Ed)
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Message par Topsy Turvy le Sam 14 Mar 2020 - 10:09

Je trouve le document proposé par Hotaru tellement bien que je copie les liens ici aussi :

https://medium.com/@tomaspueyo/coronavirus-agissez-aujourdhui-2bd1dc7838f6
en français

https://medium.com/@tomaspueyo/coronavirus-act-today-or-people-will-die-f4d3d9cd99ca
en anglais
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Message par Opossum le Sam 14 Mar 2020 - 10:11

En passant, voici le lien d'un cours en ligne d'une université, pour ceux qui seraient plus académiques, ou scolaires.

https://www.virologie-uclouvain.be/fr/chapitres/?fbclid=IwAR0NAqryLN3vUlsWaLJYNQuk24eczMsC4YwrmCCvRLVe20hjeSFZPWr66HI
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Message par Topsy Turvy le Sam 14 Mar 2020 - 22:06

Sur le virus de la grippe, un bon site avec tout plein d'infos très variées et bien présentées:

https://www.rts.ch/decouverte/sante-et-medecine/maladies-et-traitements/grippe/
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Message par Thalestra le Dim 15 Mar 2020 - 11:35

Que tu as mis en ligne Topsy est dense. Aussi je suis peut-être passée à côté de quelque chose. J’ai lu quelque part que les virus n’aimaient pas les UV. À ta connaissance est-ce un fake ou est-ce une réalité ? Si cela s’avérait une réalité, a-t-on une idée de la dose nécessaire pour éradiquer, de manière générale, les virus ? En d’autres termes, peut-on espérer que les rayons de printemps ralentissent la propagation ou faut-il attendre un bon soleil d’été ? Merci
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Message par Topsy Turvy le Lun 16 Mar 2020 - 14:41

Je prends enfin le temps de répondre à la question des UV et du printemps, sorry pour le délai.

C'est vrai que les UV représentent une méthode de désinfection.

Par contre, les UV ne sont pas considérés jouer de rôle dans la saisonnalité de certaines maladies.

Pour une petite intro à la désinfection par UV, je propose de parcourir le début de
https://www.trojanuv.com/fr/uv-basics

Pour les virus comme SARS-CoV-2 et les saisons, je propose ceci en attendant qu'on en sache plus (même si ça parle de "chaleur" et non d'UV)
https://www.doctissimo.fr/sante/news/hiver-propice-virus-chaleur-printaniere-ne-les-tue-pas


Dernière édition par Topsy Turvy le Lun 16 Mar 2020 - 15:13, édité 1 fois
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Message par siamois93 le Lun 16 Mar 2020 - 14:44

Le temps d'exposition à la chaleur est assez important.
Il faut plus de 50 degrés pour éliminer le virus-coron.
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Message par Thalestra le Lun 16 Mar 2020 - 16:48

Merci pour les réponses !
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Message par Topsy Turvy le Lun 16 Mar 2020 - 17:28

Tim9.5 avait proposé une vidéo sur les virus qui infectent les virus.

Je propose ici le lien avec watch?time_continue pour éviter la monstre pub du début.
https://www.youtube.com/watch?time_continue=47&v=zkkfzYY2QJc&feature=emb_logo

Si vous voulez quand même la monstre pub du début, c'est là :

(M - En) Un virus peut-il attraper un virus? [5'00 dont 1'22 de pub]


Can a Virus Get a Virus? [5'00 dont 1'22 de pub]
(Life Noggin)


ERRATUM :
Bon, c'est pas très malin de ma part, je ne regarde qu'après coup la toute fin du truc.
La dernière séquence, qui parle d'une cellule eukaryote qui utilise un virus comme noyau, c'est faux.

La cellule eukaryopte (la cellule avec noyau), c'est celle qui constitue aujourd'hui les organismes des protista, fungi, plantae et animalia.
Cette cellule résulte à l'origine de l'intégration/colonisation symbiotique de cellules procaryotes. Celles-ci sont les cellules sans noyau ni organites qui constituent aujourd'hui les bactéries et archea.
Les mitochondries et les chloroplastes résultent d'une telle intégration, avec une partie de leur ADN qui a été transféré au noyau de la cellule, le reste qui est encore dans l'organite. L'organiste et le reste de la cellule bénéficient l'un de l'autre.
Le noyau, c'est juste le résultat d'une organisation de la cellules en compartiments, en l'occurrence par la mise en place d'une enveloppe protectrice autour des l'ADN et de ces accessoires (histones,...), à partir de reticulum endoplasmique.


Dernière édition par Topsy Turvy le Jeu 19 Mar 2020 - 11:41, édité 1 fois
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Message par Topsy Turvy le Lun 16 Mar 2020 - 17:56

Ici quelques séquences illustrant la phagocytose par les cellules du système immunitaire. Les séquences représentent des bactéries (et non des virus) ce qui simplifie l'illustration. Les cellules immunitaires peuvent aussi détruire de cellules du corps atteintes (par une infection virale par exemple) et en engloutir les restes. Mais les parasites peuvent aussi détruire les cellules du système immunitaire (troisième vidéo ci-dessous, pour vous rappeler de vous laver les dents, aussi).


(S - ø) Comment les cellules immunitaires réagissent lors de la réaction PHAGOCYTOSE infla.flv [0’28]

Résumé
Sous le microscope, au milieu de globules rouges, un globule blanc (ici un neutrophile) pourchasse des bactéries (ici des staphylocoques dorés) pour s'en bâfrer les phagocyter.


Comment les cellules immunitaires réagissent lors de la réaction PHAGOCYTOSE infla.flv [0’28]


(S - En) Comment les cellules immunitaires engloutissent des bactéries : processus de phagocytose [1'43]

Résumé
Des cellules immunitaires mangent et détruisent les bactéries. Certaines sont appelées macrophages. Leur travail consiste à éliminer les entités étrangères qui envahissent le corps humain. Ce processus est appelé phagocytose.


How do Immune Cells (Macrophages [ou neutrophiles ici]) Engulf Bacteria Phagocytosis Process [1'43]
(Code Scientia)
Credits:Curtis Sleve - Timelapse Vision - Fusion Medical Animation


(M - En) Bactéries attaquant les globules blancs [1’33]
Résumé

Cette vidéo montre comment les bactéries et les spirochètes attaquent les globules blancs dans la bouche. Ce sont les bactéries qui causent l'inflammation et les maladies des gencives.


Bacteria attacking White Blood Cells [1’33]
(Holistic Dentist, Carey O'Rielly, DDS)

wikipédia a écrit:Phagocytose
La phagocytose, en biologie, est le processus cellulaire par lequel certaines cellules regroupées sous la dénomination générale de phagocytes peuvent ingérer des particules étrangères solides d'échelle micrométrique. On considère habituellement que la phagocytose est une forme particulière d'endocytose. Elle se distingue d'autres processus d'internalisation cellulaire (endocytose, pinocytose) par au moins deux critères généraux :

-la phagocytose est induite par le contact physique avec la particule-cible ;
-la particule-cible de la phagocytose a une taille supérieure à 0,5 µm.

Élément essentiel de l'immunité, elle a été découverte à la fin du xixe siècle par Élie Metchnikov (1845-1916), récompensé par le Prix Nobel de physiologie ou médecine en 1908, conjointement avec Paul Ehrlich. Chez les amibes, elle joue un rôle nutritionnel, en leur permettant de capturer et d'ingérer des bactéries1.

Bien que la phagocytose ait été observée expérimentalement dans plusieurs types cellulaires, elle est généralement fortement associée avec certaines catégories de leucocytes, tels les macrophages, les cellules dendritiques ou les neutrophiles. Les conséquences de l'activité phagocytaire sont multiples et importantes. On peut citer notamment l'élimination des pathogènes, la présentation des antigènes aux lymphocytes, l'élimination des débris cellulaires pro-inflammatoires. La phagocytose peut également être exploitée en biomédecine, par exemple pour la livraison ciblée de molécules pharmaceutique ou pour l'immunothérapie antitumorale.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Phagocytose

futura-sciences a écrit:Les étapes d’une phagocytose dans une cellule immunitaire
La phagocytose a été découverte en 1883 par le scientifique russe Élie Metchnikoff qui fut lauréat du prix Nobel de médecine ou physiologie en 1908. Au niveau immunitaire, la phagocytose se réalise en plusieurs étapes :
Les particules adhèrent à la membrane cellulaire grâce à des récepteurs non spécifiques ou à des récepteurs pour les opsonines. L'opsonisation est un processus au cours duquel des opsonines (anticorps ou molécules du complément) se lient d'un côté à la particule étrangère et de l'autre à un récepteur membranaire présent sur un phagocyte, ce qui favorise la phagocytose.
La cellule développe des pseudopodes autour de la particule pour l'internaliser dans une vésicule appelée phagosome. L'internalisation de la particule est l'endocytose.
Des lysosomes, c'est-à-dire des vésicules contenant des enzymes, fusionnent avec le phagosome formant ainsi un phagolysosome.
Les enzymes des lysosomes digèrent la particule. Un autre processus favorise la destruction des bactéries : la formation de radicaux libres par une enzyme de la membrane du phagosome.
Les produits de la digestion de la particule sont excrétés.

https://www.futura-sciences.com/sante/definitions/biologie-phagocytose-223/
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Message par siamois93 le Lun 16 Mar 2020 - 18:00

Est-ce qu'il y a d'autres éléments de notre système immunitaire qui chassent ce coronavirus, à part les globules blancs ?
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Message par Topsy Turvy le Lun 16 Mar 2020 - 18:18

Chasser ? Non. Il y a une barrière physique que constitue la peau, d'une certaine manière. On considère trois niveaux de défense : barrière naturelle, immunité innée et immunité acquise. Pour s'attaquer à SARS-CoV-2, on ne peux pas trop compter sur l'immunité acquise, car le virus est nouvellement passé à l'être humain. Il reste le système immunitaire inné. Ça fait déjà pas mal de types de cellules.
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Message par Topsy Turvy le Lun 16 Mar 2020 - 22:49

Donc, on ne vous laisse plus sortir et voir du monde, bouhouhou, c'est pas juuuuste.

Au sujet de l'impact de
-la diminution du nombre d'infecté
et de
-la probabilité d'exposition
je propose encore (pour la troisième fois) de regarder au moins la dernière minute de cette vidéo.

Voire de regarder toute la vidéo parce que je la trouve sympa.


(ML - En) Croissance exponentielle et épidémies [8:57]

Résumé
Un bon moment pour une introduction à la croissance exponentielle et logistique, non?
Certains ont (à juste titre) commenté que vous ne devriez pas regarder le R ^ 2 des régressions linéaires sur les données cumulatives, car même si les changements d'un jour à l'autre sont complètement aléatoires, les totaux auxquels ils s'ajoutent ne seraient pas indépendants les uns des autres. Puisque la dérivée d'une exponentielle devrait également être une exponentielle, nous pourrions plutôt exécuter le même test sur les logarithmes des différences de jour en jour, ce qui dans ce cas donne R ^ 2 = 0,91.
Bien que cette vidéo utilise COVID-19 comme exemple de motivation, l'objectif principal est simplement une leçon de mathématiques sur les exponentielles et les courbes logistiques.


Exponential growth and epidemics [8:57]
(3Blue1Brown)


Je copie ici aussi cette super vidéo parue le 27 mars 2020 que 404 nous a proposé dans f(x):
(M - En stf) Simuler une épidémie [23'11]


Simuler une épidémie [23'11]
(3Blue1Brown)


Dernière édition par Topsy Turvy le Mar 31 Mar 2020 - 14:25, édité 1 fois
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Message par Topsy Turvy le Mar 17 Mar 2020 - 11:53

Vous savez certainement qu'aux USA il a été lancé hier un premier test de vaccin sur une poignée de sujets volontaires.

On a un petit problème pour suivre l'avancée des vaccins, puisque cela relève de la recherche, bien sûr, mais pas mal du côté des brevets, et la compétition est rude, plutôt que du partage public de données, ce qui permettrait de suivre ce qui se passe en plus de faire avancer les recherches de manière coordonnée.

Bref.

Sur le principe, le vaccin dont il est question en l'occurrence n'a rien à voir avec les techniques traditionnelles évoquées plus haut dans les petites vidéos didactiques.


Il s'agit ici de vaccin(s) à "ARN", ou plus exactement à "ARNm".

Kézako ?

En gros, on ne prend pas le virus affaiblit, ni le virus désactivé, ni les protéines du virus, ni même l'ADN du virus. En fait, on ne prend pas le virus du tout. Mais on synthétise artificiellement des séquences d'ARN messager (l'information qui code pour les protéines et qui peut sortir du noyau, car l'ADN ne peut pas sortir du noyau), qu'on injecte (et ça c'est pas tout à fait yaka quand même), pour que l'information du virus puisse être exprimée par les cellules et que le système immunitaire puisse apprendre la leçon.

Avantages : moins chers, plus sûrs et plus faciles à produire que les vaccins traditionnels. Et surtout plus rapidement. Du style : aujourd'hui aux USA on n'arrive pas à détecter en masse le virus, mais, grâce aux informations sur son code génétique, on peut déjà vous envoyer les plans de son petit costume.


(M - En) How Scientists Are Trying to Develop a Coronavirus Vaccine [4’17]
(Wall Street Journal)

Résumé
Scientists racing to find a vaccine for the Wuhan coronavirus are hoping a cutting-edge approach called “rapid response platforms” will quickly yield a breakthrough. WSJ’s Jason Bellini explains what these are and how they work. Photo: NIAID


How Scientists Are Trying to Develop a Coronavirus Vaccine [4’17]
(Wall Street Journal)


Préparer un vaccin contre la grippe sans le virus:

[...]
Aujourd'hui [2012, mais encore], la plupart des vaccins contre la grippe sont constitués d'hémagglutinine et de neuraminidase, les deux protéines couvrant la surface du virus. Pour produire ces molécules, les trois souches grippales prédominantes sont cultivées dans des œufs de poule fécondés ou, de plus en plus, en culture cellulaire. Le virus est ensuite récolté et décomposé afin que les deux protéines puissent être purifiées.

Cependant, il est difficile de prédire à quel point une souche donnée se développe dans les œufs ou les cellules et produire suffisamment de virus pour des millions de doses de vaccin prend plusieurs mois chaque année. C'est un problème particulier lorsqu'une nouvelle souche de grippe pandémique émerge, comme cela s'est produit en 2009 avec la grippe porcine. La plupart du vaccin contre ce virus est devenu disponible bien après que la pandémie ait atteint son apogée.

Aujourd'hui, des scientifiques de l'Institut Friedrich-Loeffler (Institut fédéral allemand de recherche sur la santé animale) et la société de biotechnologie CureVac [de la fondation Bill et Melinda Gates] à Tübingen ont développé une nouvelle approche. Ils ont conçu un morceau d'ARNm codant pour l'hémagglutinine de la souche grippale H1N1. Les cellules utilisent l'ARNm pour transporter l'information contenue dans le génome du noyau vers la périphérie de la cellule, où elle est traduite en protéine. En injectant de l'ARNm synthétique dans la peau des souris, les chercheurs ont incité les cellules animales à produire elles-mêmes la protéine virale. Cela a déclenché une réponse immunitaire qui a ensuite protégé les animaux contre l'infection par des doses mortelles du virus de la grippe, ont rapporté les chercheurs en ligne le 25 novembre dans Nature Biotechnology.

Un vaccin à ARNm pourrait avoir d'autres avantages. Il n'est pas nécessaire de développer le virus; il suffit de disposer de la séquence de la souche grippale. Cela signifie que les plans prêts à être distribués pourraient être produits dans les 6 à 8 semaines, écrivent les auteurs, et que les coûts de production baisseraient. Le vaccin n'a pas non plus besoin d'être conservé au réfrigérateur pour le stockage ou la distribution, affirment-ils, et il élimine le danger d'un choc anaphylactique chez les personnes allergiques à l'ovalbumine, une protéine dans les œufs de poule qui est souvent présente dans les injections de très faibles quantités.

D'autres chercheurs ont essayé d'utiliser l'ADN plutôt que l'ARN pour vacciner contre la grippe. Mais alors que les expériences sur la souris étaient prometteuses, les résultats des essais sur l'homme étaient décevants, avertit Klenk. Le fait que le vaccin à ARNm ait également montré un effet chez les furets et les porcs "rend plus probable que ces résultats pourraient également se vérifier chez l'homme", dit-il.

Une des raisons de l'échec de l'approche ADN pourrait être que l'ADN doit traverser deux membranes pour pénétrer dans le noyau d'une cellule, explique Karl-Josef Kallen, immunologiste à CureVac et l'un des auteurs: il doit entrer non seulement dans la cellule mais également le noyau, le seul endroit où ses informations peuvent être lues.

L'utilisation d'ARN, qui fait son travail en dehors du noyau, est beaucoup plus simple, mais les scientifiques ont longtemps pensé que l'ARN était trop instable pour être utilisé comme vaccin. CureVac a surmonté ce problème en changeant la séquence de l'ARNm d'une manière qui augmente sa stabilité jusqu'à 10 000 fois sans changer la protéine qu'il code, dit Kallen.
[...]
Kallen dit que la technique de l'ARNm peut être utilisée pour concevoir des vaccins contre une variété d'autres maladies: CureVac travaille déjà sur des vaccins ARNm contre d'autres agents pathogènes en collaboration avec la société pharmaceutique Sanofi et DARPA, l'agence de recherche du ministère américain de la Défense. La prochaine étape, une étude de sécurité chez l'homme est en préparation, dit-il, mais il ne veut pas dire pour quelle maladie.

traduction rapide d'extraits de Kai Kupferschmidt le 26.112012)
https://www.sciencemag.org/news/2012/11/making-flu-vaccine-without-virus

Plus complet, avec des schémas et tout (mais en anglais et je ne le traduis pas):

RNA vaccines: a novel technology to prevent and treat disease
by Alexis Hubaud, figures by Anna Maurer
(article de blog relié à Harvard, 5 mai 2015)
http://sitn.hms.harvard.edu/flash/2015/rna-vaccines-a-novel-technology-to-prevent-and-treat-disease/
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Message par Topsy Turvy le Mar 17 Mar 2020 - 15:24

Doublon avec f(x), mais comme ça je m'y retrouve.

Le mode d'emploi du bidule sur lequel repose le test d'une heure promis par DiaSorin :
(ça doit coûter super bonbon, en admettant que ça marche d'ici la fin du mois)
(ils viennent de recevoir des fonds pour bosser dessus)

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Message par Topsy Turvy le Jeu 19 Mar 2020 - 9:53

Représentation imagée très accessible racontant des processus de niveau plutôt avancé.
Une belle performance, peut-être mieux appréciée si on en perçoit le travail d’équilibriste :

(SML - En) Cellule contre virus : une bataille pour la santé - Shannon Stiles [3’59]

Résumé
Tout ce qui vit est fait de cellules. Dans le corps humain, ces unités très efficaces sont protégées par une couche défensive après l'autre contre les vilains envahisseurs comme le virus du rhume. Shannon Stiles fait un voyage dans la cellule et présente l'arsenal microscopique d'armes et de guerriers qui jouent un rôle dans la bataille  pour votre santé.


Cellule contre virus : une bataille pour la santé - Shannon Stiles [3’59]
(TED-Ed)

Pour une (ré)vision de quelques concepts généraux du fonctionnement d'une cellule, je renvoie sur le fil parallèle dédié :
https://www.zebrascrossing.net/t39759-la-cellule-sciences-du-vivant#1687238



La vidéo suivante, proposée par Vincenz' est absolument A VOIR !!! Merci Vincenz' !


Dernière édition par Topsy Turvy le Jeu 19 Mar 2020 - 18:26, édité 1 fois
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Message par Vincenz' le Jeu 19 Mar 2020 - 18:20

À la demande de Topsy :

Vincenz' a écrit:Pour les anglophones, Kurzgesagt a sorti une vidéo sur le coronavirus :

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Message par Laedi le Jeu 19 Mar 2020 - 22:18

https://sante.lefigaro.fr/article/les-autorites-clarifient-la-liste-des-personnes-a-risque-face-au-coronavirus/
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Message par Pabanal le Ven 20 Mar 2020 - 18:29

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Message par Topsy Turvy le Ven 20 Mar 2020 - 18:48

Oui, il faut se laver les mains.
Non, le savon ne tue pas les virus.


J'en ai parlé dans un message précédent.
Je vous invite à le consultèrent détail
(voire faire les expériences proposées) :
https://www.zebrascrossing.net/t39722-coronaquoi-virus-bio-biotech#1684373
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Message par Pabanal le Ven 20 Mar 2020 - 18:55

Ca aura au moins eu l'intérêt de le redire, désolé de na pas tout lire. Merci.
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Message par Topsy Turvy le Ven 20 Mar 2020 - 19:12

Il n'y a pas de mal, on ne peut pas tout lire.
Et, oui, je trouve bien si ça permet de redire.
Merci à toi !
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Message par Laedi le Sam 21 Mar 2020 - 7:56

Perfect Sense...

https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/03/20/perte-dodorat-un-des-symptomes-possibles-du-au-coronavirus/
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Message par Topsy Turvy le Sam 21 Mar 2020 - 9:00

Merci beaucoup Laedi !
Je n'avais pas vu passer ces informations.
Là, je les retrouve en effet sur reddit, etc.
C'est très intéressant et très intriguant...
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Message par Wich le Sam 21 Mar 2020 - 9:54

.


Dernière édition par Wich le Sam 21 Mar 2020 - 20:30, édité 1 fois
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Message par Topsy Turvy le Sam 21 Mar 2020 - 10:20

COVID-19 Kit de survie pour s’y retrouver : symptômes, tests, traitements et dynamique de l’épidémie

Quoi dans mon assiette
Actualités en sciences, alimentation et santé – Uniquement basé sur des publications
scientifiques !

SYNTHESE de la littérature scientifique sur le SRAS-CoV-2
par Thibault FIOLET (Ingénieur AgroParisTech, Doctorant à l’Université Paris-Saclay en Santé Publique)


Stegos a écrit:Simple, et bien fait.. [...]

https://quoidansmonassiette.fr/covid-19-analyse-synthese-informations-fiables-symptome-dynamique-epidemie-traitement/

A consulter !

Merci Stegos.
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Message par Pieyre le Sam 21 Mar 2020 - 11:12

Merci à vous deux !

Je me retiens d'ouvrir un sujet sur les conseils personnels (mais je vais voir). Comme je l'ai dit à plusieurs reprises, cela me semble important d'aller au-delà des préconisations gouvernementales – non pas qu'il s'agisse d'une critique, mais parce qu'il est question de responsabiliser les gens.

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Message par tim9.5 le Sam 21 Mar 2020 - 17:43

Hello Topsy !
J'ai une question concernant la vidéo Nature sur la construction des anticorps, en des milliards de formes différentes.
J'ai compris qu'une enzyme découpait de manière aléatoire le code génétique support d'anticorps, puis qu'un mélange interne à l'anticorps avait lieu, ce qui permet d'en créer des milliards à partir de 20'000 gènes.
La cellule qui s'occupe de ça est la B cell.
Mais est-ce elle qui fabrique le bon anticorps copié des millions de fois contre une maladie, celle du covid par exemple ? Je ne comprends pas le passage aléatoire - spécifique de la production d'anticorps. Toi comprendre moi ?
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Message par Topsy Turvy le Sam 21 Mar 2020 - 18:13

La question est pertinente, et elle soulève un phénomène intéressant.

Mais d'abord, la réponse à la question initiale.
On distingue plusieurs types de lymphocytes B.
Les lymphocytes B sont des lymphocytes participant à la réponse immunitaire adaptative, c'est-à-dire qu'un lymphocyte B donné ne peut réagir que contre un antigène précis. [...]

Les cellules B sont des lymphocytes qui jouent un grand rôle dans l'immunité humorale (par opposition à l'immunité cellulaire). [Comprendre l'adjectif comme venant de "humeur", terme anciennement utilisé pour désigner un fluide du corps, comme la bile.]
[...]
Le corps humain produit des centaines de milliers de types différents de cellules B, et chaque type a sur sa membrane un récepteur des cellules B particulier, qui se liera à un antigène particulier ; à chaque instant des millions de cellules B circulent dans le sang et la lymphe, sans produire d'anticorps. Il y a plusieurs types de cellules B :

-Les cellules B naïves, qui n'ont encore jamais rencontré leur antigène de prédilection ;

-Les plasmocytes sécrètent des anticorps qui se chargent de la neutralisation des antigènes en se liant à ceux-ci afin qu'ils deviennent des proies plus faciles pour les phagocytes ;

-Les cellules B à mémoire sont formées spécifiquement contre les antigènes rencontrés lors de la réponse immunitaire primaire ; comme elles peuvent vivre longtemps, ces cellules peuvent réagir rapidement lors d'une seconde exposition à leur antigène spécifique.

-les cellules B régulatrices (appelées Breg pour regulatory B cells) ont été décrites récemment, elles contrôlent l’inflammation auto-immune et sont mises en évidence dans divers modèles de tolérance telles que la transplantation, la grossesse, ou encore des infections par un parasite extracellulaire comme les helminthes. [...]
https://fr.wikipedia.org/wiki/Lymphocyte_B

J'imagine que ça répond plus ou moins à la question.

Maintenant le phénomène que je trouve intéressant.
J'ai évoqué ailleurs le phénomène appelé apoptose.
Ce terme désigne l'auto-destruction d'une cellule.
Or, l'apoptose joue un rôle crucial en immunité.
L'apoptose lymphocytaire est essentielle au bon fonctionnement immunitaire. Il supprime les lymphocytes en développement qui ne parviennent pas à exprimer un récepteur d'antigène, garantissant ainsi un répertoire fonctionnel de cellules B et T matures, et il maintient la tolérance envers soi en éliminant les lymphocytes avec des récepteurs d'antigène qui reconnaissent les autoantigènes. L'apoptose régule également la taille et la durée des réponses immunitaires, les lymphocytes activés étant tués lorsqu'une infection est éliminée avec succès.
https://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/lymphocyte-apoptosis

En résumé, il faut que les lymphocyte B soit efficaces à repérer des trucs et ne prennent pas le soi pour cible.
S'ils ne sont pas efficaces à repérer des trucs ou prennent le soi pour cible, ils sont condamnés à se suicider.
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Message par Topsy Turvy le Dim 22 Mar 2020 - 14:55

Je vous propose de créer un autre fil équivalent à f(x) si vous êtes impatients de discuter de ce genre de chiffres et calculs.

Je rappelle ici mon message en ouverture de ce fil :

Je vous propose ici de (re)voir quelques notions de sciences et technologie du vivant en rapport avec le(s) (corona)virus.

Merci beaucoup.
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Message par siamois93 le Dim 22 Mar 2020 - 15:11

L'immunité de groupe ne fait pas partie de ce que tu souhaites voir abordé dans ce sujet ?
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Message par RonaldMcDonald le Dim 22 Mar 2020 - 16:35

paela a écrit:(.../...)
-de manière plus générale que tous les cas qui demandent une hospitalisation sont à prendre en compte, sachant que ceux-ci se transformeraient facilement en décès si le système de santé était vraiment submergé(.../...)

voilà. 1% de létalité, c'est quand le système de santé tient. Il craque en Italie, et il ne tiendra pas bien longtemps en France ou en Espagne(394 morts les dernières 24 heures).
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Message par Topsy Turvy le Lun 23 Mar 2020 - 21:29

Déjà mis sur f(x) (où ça va se perdre), sur CoronaPapers (c'est une pointure qui s'exprime) et sur un carnet (pour ceux qui en sortent peu), mais j'aurais peut-être dû commencer par mettre ici.

Je conseille de regarder (ou écouter) la conférence et /ou de regarder le diaporama !
https://www.college-de-france.fr/media/philippe-sansonetti/UPL1414529259917354829_Covid_19_Sansonetti.pdf

Covid-19 ou la chronique d'une émergence annoncée


https://www.youtube.com/watch?v=JKY1i7IpK3Y
(Collège de France)

Web conférence du Pr Philippe Sansonetti, prononcée le 16 mars 2020.

Télécharger le support de la conférence :
https://www.college-de-france.fr/site/philippe-sansonetti/seminar-2020-03-16-13h00.htm

Philippe Sansonetti est professeur titulaire de la chaire Microbiologie et maladies infectieuses.
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Message par Pabanal le Mer 25 Mar 2020 - 10:47

Est ce que c'est le lieu pour proposer des mesures de protections individuelles ?

je n'ai pas lu qu'il serait conseillé de se raser la barbe alors que c'est la mode. Comme on est averti qu'il vaut mieux éviter de se toucher le visage et qu'il y a beaucoup de gestes automatiques qui peuvent apporter l'infection vers le nez et la bouche, est - ce qu'il est souhaitable de se raser barbe et moustache ? Déjà il semble que c'est recommandé pour le port des masques.

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